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Structure paper

タイトルStructure of the nucleotide exchange factor eIF2B reveals mechanism of memory-enhancing molecule.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 359, Issue 6383, Year 2018
掲載日2018年3月30日
著者Jordan C Tsai / Lakshmi E Miller-Vedam / Aditya A Anand / Priyadarshini Jaishankar / Henry C Nguyen / Adam R Renslo / Adam Frost / Peter Walter /
PubMed 要旨Regulation by the integrated stress response (ISR) converges on the phosphorylation of translation initiation factor eIF2 in response to a variety of stresses. Phosphorylation converts eIF2 from a ...Regulation by the integrated stress response (ISR) converges on the phosphorylation of translation initiation factor eIF2 in response to a variety of stresses. Phosphorylation converts eIF2 from a substrate to a competitive inhibitor of its dedicated guanine nucleotide exchange factor, eIF2B, thereby inhibiting translation. ISRIB, a drug-like eIF2B activator, reverses the effects of eIF2 phosphorylation, and in rodents it enhances cognition and corrects cognitive deficits after brain injury. To determine its mechanism of action, we solved an atomic-resolution structure of ISRIB bound in a deep cleft within decameric human eIF2B by cryo-electron microscopy. Formation of fully active, decameric eIF2B holoenzyme depended on the assembly of two identical tetrameric subcomplexes, and ISRIB promoted this step by cross-bridging a central symmetry interface. Thus, regulation of eIF2B assembly emerges as a rheostat for eIF2B activity that tunes translation during the ISR and that can be further modulated by ISRIB.
リンクScience / PubMed:29599213 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.0 Å
構造データ

7442

6caj

EMDB-7442, PDB-6caj:
Electron cryo-microscopy of the eukaryotic translation initiation factor 2B from Homo sapiens
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-7443:
Electron cryo-microscopy of the eukaryotic translation initiation factor 2B from Homo sapiens
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-7444:
Electron cryo-microscopy of the eukaryotic translation initiation factor 2B from Homo sapiens
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-C7B:
2-(4-chloranylphenoxy)-~{N}-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoylamino]cyclohexyl]ethanamide / N-[4α-[[(4-クロロフェノキシ)アセチル]アミノ]シクロヘキサン-1β-イル]-2-(4-クロロフェニルオキシ(以下略) / ISRIB

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / guanine nucleotide exchange factor (グアニンヌクレオチド交換因子) / translation initiation / ISRIB-bound / decameric complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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