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Structure paper

タイトルCryo-EM Elucidation of the Structure of Bacteriophage P22 Virions after Genome Release.
ジャーナル・号・ページBiophys J, Vol. 114, Issue 6, Page 1295-1301, Year 2018
掲載日2018年3月27日
著者Reginald McNulty / Giovanni Cardone / Eddie B Gilcrease / Timothy S Baker / Sherwood R Casjens / John E Johnson /
PubMed 要旨Genome ejection proteins are required to facilitate transport of bacteriophage P22 double-stranded DNA safely through membranes of Salmonella. The structures and locations of all proteins in the ...Genome ejection proteins are required to facilitate transport of bacteriophage P22 double-stranded DNA safely through membranes of Salmonella. The structures and locations of all proteins in the context of the mature virion are known, with the exception of three ejection proteins. Furthermore, the changes that occur to the proteins residing in the mature virion upon DNA release are not fully understood. We used cryogenic electron microscopy to obtain what is, to our knowledge, the first asymmetric reconstruction of mature bacteriophage P22 after double-stranded DNA has been extruded from the capsid-a state representative of one step during viral infection. Results of icosahedral and asymmetric reconstructions at estimated resolutions of 7.8 and 12.5 Å resolutions, respectively, are presented. The reconstruction shows tube-like protein density extending from the center of the tail assembly. The portal protein does not revert to the more contracted, procapsid state, but instead maintains an extended and splayed barrel structure. These structural details contribute to our understanding of the molecular mechanism of P22 phage infection and also set the foundation for future exploitation serving engineering purposes.
リンクBiophys J / PubMed:29590587 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度7.8 - 12.5 Å
構造データ

EMDB-7315:
Bacteriophage P22 gp26minus symmetric reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.8 Å

EMDB-7316:
P22 gp26 minus asymmetric reconstruction 6-fold symmetry along Z-axis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.5 Å

EMDB-7317:
P22 gp26minus asymmetric reconstruction C12 symmetry along Z-axis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.5 Å

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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