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タイトルSystematic studies of all PIH proteins in zebrafish reveal their distinct roles in axonemal dynein assembly.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 7, Year 2018
掲載日2018年5月9日
著者Hiroshi Yamaguchi / Toshiyuki Oda / Masahide Kikkawa / Hiroyuki Takeda /
PubMed 要旨Construction of motile cilia/flagella requires cytoplasmic preassembly of axonemal dyneins before transport into cilia. Axonemal dyneins have various subtypes, but the roles of each dynein subtype ...Construction of motile cilia/flagella requires cytoplasmic preassembly of axonemal dyneins before transport into cilia. Axonemal dyneins have various subtypes, but the roles of each dynein subtype and their assembly processes remain elusive in vertebrates. The PIH protein family, consisting of four members, has been implicated in the assembly of different dynein subtypes, although evidence for this idea is sparse. Here, we established zebrafish mutants of all four PIH-protein genes: , , , and , and analyzed the structures of axonemal dyneins in mutant spermatozoa by cryo-electron tomography. Mutations caused the loss of specific dynein subtypes, which was correlated with abnormal sperm motility. We also found organ-specific compositions of dynein subtypes, which could explain the severe motility defects of mutant Kupffer's vesicle cilia. Our data demonstrate that all vertebrate PIH proteins are differently required for cilia/flagella motions and the assembly of axonemal dyneins, assigning specific dynein subtypes to each PIH protein.
リンクElife / PubMed:29741156 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー)
解像度41.7 - 45.1 Å
構造データ

EMDB-6954:
Doublet microtubule of zebrafish sperm axoneme, WT
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 42.5 Å

EMDB-6955:
Doublet microtubule of zebrafish sperm axoneme, pih1d1_null mutant
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 45.0 Å

EMDB-6956:
Doublet microtubule of zebrafish sperm axoneme, pih1d2_null mutant
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 45.1 Å

EMDB-6957:
Doublet microtubule of zebrafish sperm axoneme, ktu_null mutant
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 43.4 Å

EMDB-6958:
Doublet microtubule of zebrafish sperm axoneme, twister_null mutant
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 43.7 Å

EMDB-6959:
Doublet microtubule of zebrafish sperm axoneme, pih1d2_null and ktu_null double_mutant, +OAD
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 43.4 Å

EMDB-6960:
Doublet microtubule of zebrafish sperm axoneme, pih1d2_null and ktu_null double_mutant, -OAD
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 41.7 Å

由来
  • Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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