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タイトルA structurally distinct human mycoplasma protein that generically blocks antigen-antibody union.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 343, Issue 6171, Page 656-661, Year 2014
掲載日2014年2月7日
著者Rajesh K Grover / Xueyong Zhu / Travis Nieusma / Teresa Jones / Isabel Boreo / Amanda S MacLeod / Adam Mark / Sherry Niessen / Helen J Kim / Leopold Kong / Nacyra Assad-Garcia / Keehwan Kwon / Marta Chesi / Vaughn V Smider / Daniel R Salomon / Diane F Jelinek / Robert A Kyle / Richard B Pyles / John I Glass / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Richard A Lerner /
PubMed 要旨We report the discovery of a broadly reactive antibody-binding protein (Protein M) from human mycoplasma. The crystal structure of the ectodomain of transmembrane Protein M differs from other known ...We report the discovery of a broadly reactive antibody-binding protein (Protein M) from human mycoplasma. The crystal structure of the ectodomain of transmembrane Protein M differs from other known protein structures, as does its mechanism of antibody binding. Protein M binds with high affinity to all types of human and nonhuman immunoglobulin G, predominantly through attachment to the conserved portions of the variable region of the κ and λ light chains. Protein M blocks antibody-antigen union, likely because of its large C-terminal domain extending over the antibody-combining site, blocking entry to large antigens. Similar to the other immunoglobulin-binding proteins such as Protein A, Protein M as well as its orthologs in other Mycoplasma species could become invaluable reagents in the antibody field.
リンクScience / PubMed:24503852 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.2 - 21.3 Å
構造データ

EMDB-5834:
A Unique Human Mycoplasma Protein that Generically Blocks Antigen-Antibody Union
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.3 Å

EMDB-5835:
A Unique Human Mycoplasma Protein that Generically Blocks Antigen-Antibody Union
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-5836:
A Unique Human Mycoplasma Protein that Generically Blocks Antigen-Antibody Union
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.8 Å

PDB-4nzr:
Crystal structure of the antibody-binding region of Protein M (Protein M TD) in complex with anti-HIV antibody PGT135 Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-4nzt:
Crystal structure of the antibody-binding region of Protein M (Protein M TD) in complex with anti-infleunza hemagglutinin antibody CR9114 Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.497 Å

PDB-4nzu:
Crystal structure of the primary monoclonal antibody 13PL Fab' from a multiple myeloma patient
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.2 Å

化合物

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩

由来
  • mycoplasma genitalium (マイコプラズマ・ジェニタリウム)
  • homo sapiens (ヒト)
  • unidentified (未定義)
キーワードIMMUNE SYSTEM/PROTEIN BINDING (免疫系) / Leucine-rich repeat (ロイシンリッチリピート) / broad antibody-binding / block antibody-antigen union / variable region / IMMUNE SYSTEM-PROTEIN BINDING complex (免疫系) / PROTEIN BINDING/IMMUNE SYSTEM / PROTEIN BINDING-IMMUNE SYSTEM complex / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody Fab / multiple myeloma (多発性骨髄腫) / primary antibody

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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