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タイトルStructure and accessibility of HA trimers on intact 2009 H1N1 pandemic influenza virus to stem region-specific neutralizing antibodies.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 110, Issue 12, Page 4592-4597, Year 2013
掲載日2013年3月19日
著者Audray K Harris / Joel R Meyerson / Yumiko Matsuoka / Oleg Kuybeda / Amy Moran / Donald Bliss / Suman R Das / Jonathan W Yewdell / Guillermo Sapiro / Kanta Subbarao / Sriram Subramaniam /
PubMed 要旨Rapid antigenic variation of HA, the major virion surface protein of influenza A virus, remains the principal challenge to the development of broader and more effective vaccines. Some regions of HA, ...Rapid antigenic variation of HA, the major virion surface protein of influenza A virus, remains the principal challenge to the development of broader and more effective vaccines. Some regions of HA, such as the stem region proximal to the viral membrane, are nevertheless highly conserved across strains and among most subtypes. A fundamental question in vaccine design is the extent to which HA stem regions on the surface of the virus are accessible to broadly neutralizing antibodies. Here we report 3D structures derived from cryoelectron tomography of HA on intact 2009 H1N1 pandemic virions in the presence and absence of the antibody C179, which neutralizes viruses expressing a broad range of HA subtypes, including H1, H2, H5, H6, and H9. By fitting previously derived crystallographic structures of trimeric HA into the density maps, we deduced the locations of the molecular surfaces of HA involved in interaction with C179. Using computational methods to distinguish individual unliganded HA trimers from those that have bound C179 antibody, we demonstrate that ∼75% of HA trimers on the surface of the virus have C179 bound to the stem domain. Thus, despite their close packing on the viral membrane, the majority of HA trimers on intact virions are available to bind anti-stem antibodies that target conserved HA epitopes, establishing the feasibility of universal influenza vaccines that elicit such antibodies.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:23460696 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
構造データ

EMDB-5682:
Molecular structure of the native influenza hemagglutinin H1 on virions
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-5683:
Molecular structure of the native influenza hemagglutinin H1 on virions
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-5684:
Molecular structure of the native influenza hemagglutinin H1 on virions complexed with broadly neutralizing stem antibody C179
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-5685:
Molecular structure of the native influenza hemagglutinin H1 on virions complexed with broadly neutralizing stem antibody C179
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-5686:
Molecular structure of the native influenza hemagglutinin H3 on virions
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-5687:
Molecular structure of the native influenza hemagglutinin H3 on virions
手法: EM (サブトモグラム平均)

由来
  • Influenza A virus (A/California/07/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
  • Influenza A virus (A/Aichi/2/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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