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タイトルVisualization of uncorrelated, tandem symmetry mismatches in the internal genome packaging apparatus of bacteriophage T7.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 110, Issue 17, Page 6811-6816, Year 2013
掲載日2013年4月23日
著者Fei Guo / Zheng Liu / Frank Vago / Yue Ren / Weimin Wu / Elena T Wright / Philip Serwer / Wen Jiang /
PubMed 要旨Motor-driven packaging of a dsDNA genome into a preformed protein capsid through a unique portal vertex is essential in the life cycle of a large number of dsDNA viruses. We have used single-particle ...Motor-driven packaging of a dsDNA genome into a preformed protein capsid through a unique portal vertex is essential in the life cycle of a large number of dsDNA viruses. We have used single-particle electron cryomicroscopy to study the multilayer structure of the portal vertex of the bacteriophage T7 procapsid, the recipient of T7 DNA in packaging. A focused asymmetric reconstruction method was developed and applied to selectively resolve neighboring pairs of symmetry-mismatched layers of the portal vertex. However, structural features in all layers of the multilayer portal vertex could not be resolved simultaneously. Our results imply that layers with mismatched symmetries can join together in several different relative orientations, and that orientations at different interfaces assort independently to produce structural isomers, a process that we call combinatorial assembly isomerism. This isomerism explains rotational smearing in previously reported asymmetric reconstructions of the portal vertex of T7 and other bacteriophages. Combinatorial assembly isomerism may represent a new regime of structural biology in which globally varying structures assemble from a common set of components. Our reconstructions collectively validate previously proposed symmetries, compositions, and sequential order of T7 portal vertex layers, resolving in tandem the 5-fold gene product 10 (gp10) shell, 12-fold gp8 portal ring, and an internal core stack consisting of 12-fold gp14 adaptor ring, 8-fold bowl-shaped gp15, and 4-fold gp16 tip. We also found a small tilt of the core stack relative to the icosahedral fivefold axis and propose that this tilt assists DNA spooling without tangling during packaging.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:23580619 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度7.8 - 20.0 Å
構造データ

EMDB-5566:
Icosahedral reconstruction (map 1/8): Visualization of Uncorrelated Tandem Symmetry Mismatches in the Internal Genome Packaging Apparatus of a dsDNA Virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.8 Å

EMDB-5567:
Standard asymmetric reconstruction (map 2/8): Visualization of Uncorrelated Tandem Symmetry Mismatches in the Internal Genome Packaging Apparatus of a dsDNA virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-5568:
Focused asymmetric reconstruction I (map 3/8): Visualization of Uncorrelated Tandem Symmetry Mismatches in the Internal Genome Packaging Apparatus of a dsDNA virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-5569:
Focused asymmetric reconstruction II (map 4/8): Visualization of Uncorrelated Tandem Symmetry Mismatches in the Internal Genome Packaging Apparatus of a dsDNA virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-5570:
Focused asymmetric reconstruction III (map 5/8): Visualization of Uncorrelated Tandem Symmetry Mismatches in the Internal Genome Packaging Apparatus of a dsDNA virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-5571:
Focused asymmetric reconstruction IV (map 6/8): Visualization of Uncorrelated Tandem Symmetry Mismatches in the Internal Genome Packaging Apparatus of a dsDNA virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-5572:
Focused asymmetric reconstruction V (map 7/8): Visualization of Uncorrelated Tandem Symmetry Mismatches in the Internal Genome Packaging Apparatus of a dsDNA virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.0 Å

EMDB-5573:
Focused asymmetric reconstruction VI (map 8/8): Visualization of Uncorrelated Tandem Symmetry Mismatches in the Internal Genome Packaging Apparatus of a dsDNA virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

由来
  • Enterobacteria phage T7 (ファージ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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