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タイトルStructure and dynamics of the mammalian ribosomal pretranslocation complex.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 44, Issue 2, Page 214-224, Year 2011
掲載日2011年10月21日
著者Tatyana Budkevich / Jan Giesebrecht / Roger B Altman / James B Munro / Thorsten Mielke / Knud H Nierhaus / Scott C Blanchard / Christian M T Spahn /
PubMed 要旨Although the structural core of the ribosome is conserved in all kingdoms of life, eukaryotic ribosomes are significantly larger and more complex than their bacterial counterparts. The extent to ...Although the structural core of the ribosome is conserved in all kingdoms of life, eukaryotic ribosomes are significantly larger and more complex than their bacterial counterparts. The extent to which these differences influence the molecular mechanism of translation remains elusive. Multiparticle cryo-electron microscopy and single-molecule FRET investigations of the mammalian pretranslocation complex reveal spontaneous, large-scale conformational changes, including an intersubunit rotation of the ribosomal subunits. Through structurally related processes, tRNA substrates oscillate between classical and at least two distinct hybrid configurations facilitated by localized changes in their L-shaped fold. Hybrid states are favored within the mammalian complex. However, classical tRNA positions can be restored by tRNA binding to the E site or by the eukaryotic-specific antibiotic and translocation inhibitor cycloheximide. These findings reveal critical distinctions in the structural and energetic features of bacterial and mammalian ribosomes, providing a mechanistic basis for divergent translation regulation strategies and species-specific antibiotic action.
リンクMol Cell / PubMed:22017870 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度9.0 - 10.6 Å
構造データ

5326

3j0l

EMDB-5326: Cryo EM reconstruction of mammalian 80S ribosome in classic PRE state 1
PDB-3j0l: Core of mammalian 80S pre-ribosome in complex with tRNAs fitted to a 9.8A cryo-EM map: classic PRE state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.8 Å

5327

3j0o

EMDB-5327: Cryo EM reconstruction of mammalian 80S ribosome in classic PRE state 2
PDB-3j0o: Core of mammalian 80S pre-ribosome in complex with tRNAs fitted to a 9A cryo-EM map: classic PRE state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.0 Å

5328

3j0p

EMDB-5328: Cryo EM reconstruction of mammalian 80S ribosome in rotated PRE state 1
PDB-3j0p: Core of mammalian 80S pre-ribosome in complex with tRNAs fitted to a 10.6A cryo-em map: rotated PRE state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.6 Å

5329

3j0q

EMDB-5329: Cryo EM reconstruction of mammalian 80S ribosome in rotated PRE state 2
PDB-3j0q: Core of mammalian 80S pre-ribosome in complex with tRNAs fitted to a 10.6A cryo-em map: rotated PRE state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.6 Å

由来
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Mammalia (哺乳類) / translation (翻訳 (生物学)) / elongation cycle / tRNA (転移RNA)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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