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タイトルAn atomic model of HIV-1 capsid-SP1 reveals structures regulating assembly and maturation.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 353, Issue 6298, Page 506-508, Year 2016
掲載日2016年7月29日
著者Florian K M Schur / Martin Obr / Wim J H Hagen / William Wan / Arjen J Jakobi / Joanna M Kirkpatrick / Carsten Sachse / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs /
PubMed 要旨Immature HIV-1 assembles at and buds from the plasma membrane before proteolytic cleavage of the viral Gag polyprotein induces structural maturation. Maturation can be blocked by maturation ...Immature HIV-1 assembles at and buds from the plasma membrane before proteolytic cleavage of the viral Gag polyprotein induces structural maturation. Maturation can be blocked by maturation inhibitors (MIs), thereby abolishing infectivity. The CA (capsid) and SP1 (spacer peptide 1) region of Gag is the key regulator of assembly and maturation and is the target of MIs. We applied optimized cryo-electron tomography and subtomogram averaging to resolve this region within assembled immature HIV-1 particles at 3.9 angstrom resolution and built an atomic model. The structure reveals a network of intra- and intermolecular interactions mediating immature HIV-1 assembly. The proteolytic cleavage site between CA and SP1 is inaccessible to protease. We suggest that MIs prevent CA-SP1 cleavage by stabilizing the structure, and MI resistance develops by destabilizing CA-SP1.
リンクScience / PubMed:27417497
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度3.9 - 4.5 Å
構造データ

4015

5l93

EMDB-4015: A 3.9 Angstrom structure of HIV-1 CA-SP1 assembled in presence of Bevirimat
PDB-5l93: An atomic model of HIV-1 CA-SP1 reveals structures regulating assembly and maturation
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-4016:
A 4.5 Angstrom structure of HIV-1 CA-SP1
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-4017:
A 4.2 Angstrom structure of HIV-1 CA-SP1 from immature HIV-1 particles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-4018:
Cryo-electron tomogram containing HIV-1 deltaMACANC virus-like particles assembled in vitro in presence of Bevirimat
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-4019:
Cryo-electron tomogram containing HIV-1 deltaMACANC virus-like particles assembled in vitro
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-4020:
Cryo-electron tomogram containing immature HIV-1 particles
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b (isolate ny5) (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HIV-1 capsid SP1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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