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タイトルThe role of tubulin-tubulin lattice contacts in the mechanism of microtubule dynamic instability.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 25, Issue 7, Page 607-615, Year 2018
掲載日2018年7月2日
著者Szymon W Manka / Carolyn A Moores /
PubMed 要旨Microtubules form from longitudinally and laterally assembling tubulin α-β dimers. The assembly induces strain in tubulin, resulting in cycles of microtubule catastrophe and regrowth. This 'dynamic ...Microtubules form from longitudinally and laterally assembling tubulin α-β dimers. The assembly induces strain in tubulin, resulting in cycles of microtubule catastrophe and regrowth. This 'dynamic instability' is governed by GTP hydrolysis that renders the microtubule lattice unstable, but it is unclear how. We used a human microtubule nucleating and stabilizing neuronal protein, doublecortin, and high-resolution cryo-EM to capture tubulin's elusive hydrolysis intermediate GDP•Pi state, alongside the prehydrolysis analog GMPCPP state and the posthydrolysis GDP state with and without an anticancer drug, Taxol. GTP hydrolysis to GDP•Pi followed by Pi release constitutes two distinct structural transitions, causing unevenly distributed compressions of tubulin dimers, thereby tightening longitudinal and loosening lateral interdimer contacts. We conclude that microtubule catastrophe is triggered because the lateral contacts can no longer counteract the strain energy stored in the lattice, while reinforcement of the longitudinal contacts may support generation of force.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:29967541 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 4.4 Å
構造データ

EMDB-3961, PDB-6evw:
Cryo-EM structure of GMPCPP-microtubule co-polymerised with doublecortin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-3962, PDB-6evx:
Cryo-EM structure of GDP.Pi-microtubule rapidly co-polymerised with doublecortin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-3963, PDB-6evy:
Cryo-EM structure of GTPgammaS-microtubule co-polymerised with doublecortin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-3964, PDB-6evz:
Cryo-EM structure of GDP-microtubule co-polymerised with doublecortin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-3965: Cryo-EM structure of GMPCPP-microtubule co-polymerised with doublecortin
PDB-6ew0: Cryo-EM structure of GDP-microtubule co-polymerised with doublecortin and supplemented with Taxol
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-G2P:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP / GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン二リン酸

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

ChemComp-GSP:
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S

ChemComp-TA1:
TAXOL / パクリタキセル / 薬剤, 化学療法薬*YM / パクリタキセル

由来
  • sus sucrofa (ブタ)
  • sus scrofa (ブタ)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / microtubule (微小管) / GTPase (GTPアーゼ) / tubulin (チューブリン) / Taxol (パクリタキセル)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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