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Structure paper

タイトルOptimizing cryo-EM structural analysis of G-coupling receptors via engineered G and Nb35 application.
ジャーナル・号・ページBiochem Biophys Res Commun, Vol. 693, Page 149361, Year 2024
掲載日2024年1月22日
著者Hidetaka S Oshima / Fumiya K Sano / Hiroaki Akasaka / Aika Iwama / Wataru Shihoya / Osamu Nureki /
PubMed 要旨Cryo-EM single particle analysis has recently facilitated the high-resolution structural determination of numerous GPCR-G complexes. Diverse methodologies have been devised with this trend, and in ...Cryo-EM single particle analysis has recently facilitated the high-resolution structural determination of numerous GPCR-G complexes. Diverse methodologies have been devised with this trend, and in the case of GPCR-G complexes, scFv16, an antibody that recognizes the intricate interface of the complex, has been mainly implemented to stabilize the complex. However, owing to their flexibility and heterogeneity, structural determinations of GPCR-G complexes remain both challenging and resource-intensive. By employing eGα, which exhibits binding affinity to modified nanobody Nb35, the cryo-EM structure of Rhodopsin-eGα complex was previously reported. Using this modified G protein, we determined the structure of the ET-eG complex bound to the modified Nb35. The determined structure of ET receptor was the same as the previously reported ET-G complex, and the resulting dataset demonstrated significantly improved anisotropy. This modified G protein will be utilized for the structural determination of other GPCR-G complexes.
リンクBiochem Biophys Res Commun / PubMed:38128244
手法EM (単粒子)
解像度3.2 Å
構造データ

38330

8xgr

EMDB-38330, PDB-8xgr:
ETB-eGt complex bound to endothelin-1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • bos taurus (ウシ)
  • rattus rattus (エジプトネズミ)
  • lama glama (ラマ)
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SIGNALING PROTEIN / PEPTIDE BINDING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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