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タイトルUnveiling the structural mechanisms of nonpeptide ligand recognition and activation in human chemokine receptor CCR8.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 5, Page eadj7500, Year 2024
掲載日2024年2月2日
著者Shan Jiang / Xi Lin / Lijie Wu / Ling Wang / Yiran Wu / Ziyi Xu / Fei Xu /
PubMed 要旨The human CC chemokine receptor 8 (CCR8) is an emerging therapeutic target for cancer immunotherapy and autoimmune diseases. Understanding the molecular recognition of CCR8, particularly with ...The human CC chemokine receptor 8 (CCR8) is an emerging therapeutic target for cancer immunotherapy and autoimmune diseases. Understanding the molecular recognition of CCR8, particularly with nonpeptide ligands, is valuable for drug development. Here, we report three cryo-electron microscopy structures of human CCR8 complexed with G trimers in the ligand-free state or activated by nonpeptide agonists LMD-009 and ZK 756326. A conserved YYE motif in the orthosteric binding pocket is shown to play a crucial role in the chemokine and nonpeptide ligand recognition. Structural and functional analyses indicate that the lack of conservation in Y114 and Y172 among the CC chemokine receptors could potentially contribute to the selectivity of the nonpeptide ligand binding to CCR8. These findings present the characterization of the molecular interaction between a nonpeptide agonist and a chemokine receptor, aiding the development of therapeutics targeting related diseases through a structure-based approach.
リンクSci Adv / PubMed:38306437 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.96 - 3.3 Å
構造データ

37207

8kfx

EMDB-37207, PDB-8kfx:
Gi bound CCR8 complex with nonpeptide agonist LMD-009
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

37208

8kfy

EMDB-37208, PDB-8kfy:
Gi bound CCR8 complex with nonpeptide agonist ZK 756326
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

37209

8kfz

EMDB-37209, PDB-8kfz:
Gi bound CCR8 in ligand free state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物


化合物 画像なし

ChemComp-OS9:
Unknown entry


化合物 画像なし

ChemComp-OXF:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR Gi Agonist / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / Gi / Agonist (アゴニスト) / Complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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