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タイトルStructure of the intact tail machine of Anabaena myophage A-1(L).
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 2654, Year 2024
掲載日2024年3月26日
著者Rong-Cheng Yu / Feng Yang / Hong-Yan Zhang / Pu Hou / Kang Du / Jie Zhu / Ning Cui / Xudong Xu / Yuxing Chen / Qiong Li / Cong-Zhao Zhou /
PubMed 要旨The Myoviridae cyanophage A-1(L) specifically infects the model cyanobacteria Anabaena sp. PCC 7120. Following our recent report on the capsid structure of A-1(L), here we present the high-resolution ...The Myoviridae cyanophage A-1(L) specifically infects the model cyanobacteria Anabaena sp. PCC 7120. Following our recent report on the capsid structure of A-1(L), here we present the high-resolution cryo-EM structure of its intact tail machine including the neck, tail and attached fibers. Besides the dodecameric portal, the neck contains a canonical hexamer connected to a unique pentadecamer that anchors five extended bead-chain-like neck fibers. The 1045-Å-long contractile tail is composed of a helical bundle of tape measure proteins surrounded by a layer of tube proteins and a layer of sheath proteins, ended with a five-component baseplate. The six long and six short tail fibers are folded back pairwise, each with one end anchoring to the baseplate and the distal end pointing to the capsid. Structural analysis combined with biochemical assays further enable us to identify the dual hydrolytic activities of the baseplate hub, in addition to two host receptor binding domains in the tail fibers. Moreover, the structure of the intact A-1(L) also helps us to reannotate its genome. These findings will facilitate the application of A-1(L) as a chassis cyanophage in synthetic biology.
リンクNat Commun / PubMed:38531972 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.26 - 3.9 Å
構造データ

37150

8ke9

EMDB-37150, PDB-8ke9:
The CBD domain of cyanophage A-1(L) short tail fiber
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.76 Å

37151

8kea

EMDB-37151, PDB-8kea:
Cyanophage A-1(L) baseplate-initiators
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44 Å

37152

8kec

EMDB-37152, PDB-8kec:
Cyanophage A-1(L) tail fiber
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

37153

8kee

EMDB-37153, PDB-8kee:
Cyanophage A-1(L) sheath-tube
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

37154

8kef

EMDB-37154, PDB-8kef:
Cyanophage A-1(L) neck/gp7-terminator
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44 Å

37155

8keg

EMDB-37155, PDB-8keg:
Cyanophage A-1(L) neck/gp5-neck fiber
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.66 Å

41590

8ts6

EMDB-41590, PDB-8ts6:
Cyanophage A-1(L) portal
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44 Å

由来
  • unclassified caudoviricetes (ウイルス)
  • uncultured cyanophage (ファージ)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / fiber (繊維) / virus (ウイルス) / baseplate (三脚) / tail (尾) / neck / portal

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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