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タイトルA potent Henipavirus cross-neutralizing antibody reveals a dynamic fusion-triggering pattern of the G-tetramer.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 4330, Year 2024
掲載日2024年5月21日
著者Pengfei Fan / Mengmeng Sun / Xinghai Zhang / Huajun Zhang / Yujiao Liu / Yanfeng Yao / Ming Li / Ting Fang / Bingjie Sun / Zhengshan Chen / Xiangyang Chi / Li Chen / Cheng Peng / Zhen Chen / Guanying Zhang / Yi Ren / Zixuan Liu / Yaohui Li / Jianmin Li / Entao Li / Wuxiang Guan / Shanshan Li / Rui Gong / Kaiming Zhang / Changming Yu / Sandra Chiu /
PubMed 要旨The Hendra and Nipah viruses (HNVs) are highly pathogenic pathogens without approved interventions for human use. In addition, the interaction pattern between the attachment (G) and fusion (F) ...The Hendra and Nipah viruses (HNVs) are highly pathogenic pathogens without approved interventions for human use. In addition, the interaction pattern between the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins required for virus entry remains unclear. Here, we isolate a panel of Macaca-derived G-specific antibodies that cross-neutralize HNVs via multiple mechanisms. The most potent antibody, 1E5, confers adequate protection against the Nipah virus challenge in female hamsters. Crystallography demonstrates that 1E5 has a highly similar binding pattern to the receptor. In cryo-electron microscopy studies, the tendency of 1E5 to bind to the upper or lower heads results in two distinct quaternary structures of G. Furthermore, we identify the extended outer loop β1S2-β1S3 of G and two pockets on the apical region of fusion (F) glycoprotein as the essential sites for G-F interactions. This work highlights promising drug candidates against HNVs and contributes deeper insights into the viruses.
リンクNat Commun / PubMed:38773072 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.94 - 3.18 Å
構造データ

36760

8k0c

EMDB-36760, PDB-8k0c:
Cryo-EM structure of conformation 1 of complex of Nipah virus attachment glycoprotein G with 1E5 neutralizing antibody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

36761

8k0d

EMDB-36761, PDB-8k0d:
Cryo-EM structure of conformation 2 of complex of Nipah virus attachment G with 1E5 neutralizing antibody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.94 Å

由来
  • nipah virus (ウイルス)
  • macaca mulatta (アカゲザル)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Henipavirus / Attachment glycoprotein tetramer complex / neutralizing antibody (中和抗体) / dynamic structures

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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