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タイトルStructural bases of inhibitory mechanism of Ca1.2 channel inhibitors.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 2772, Year 2024
掲載日2024年3月30日
著者Yiqing Wei / Zhuoya Yu / Lili Wang / Xiaojing Li / Na Li / Qinru Bai / Yuhang Wang / Renjie Li / Yufei Meng / Hao Xu / Xianping Wang / Yanli Dong / Zhuo Huang / Xuejun Cai Zhang / Yan Zhao /
PubMed 要旨The voltage-gated calcium channel Ca1.2 is essential for cardiac and vessel smooth muscle contractility and brain function. Accumulating evidence demonstrates that malfunctions of Ca1.2 are involved ...The voltage-gated calcium channel Ca1.2 is essential for cardiac and vessel smooth muscle contractility and brain function. Accumulating evidence demonstrates that malfunctions of Ca1.2 are involved in brain and heart diseases. Pharmacological inhibition of Ca1.2 is therefore of therapeutic value. Here, we report cryo-EM structures of Ca1.2 in the absence or presence of the antirheumatic drug tetrandrine or antihypertensive drug benidipine. Tetrandrine acts as a pore blocker in a pocket composed of S6, S6, and S6 helices and forms extensive hydrophobic interactions with Ca1.2. Our structure elucidates that benidipine is located in the D-D fenestration site. Its hydrophobic sidechain, phenylpiperidine, is positioned at the exterior of the pore domain and cradled within a hydrophobic pocket formed by S5, S6, and S6 helices, providing additional interactions to exert inhibitory effects on both L-type and T-type voltage gated calcium channels. These findings provide the structural foundation for the rational design and optimization of therapeutic inhibitors of voltage-gated calcium channels.
リンクNat Commun / PubMed:38555290 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 3.5 Å
構造データ

34880

8hlp

EMDB-34880, PDB-8hlp:
Cryo-EM structure of human high-voltage activated L-type calcium channel CaV1.2 (apo)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

34891

8hma

EMDB-34891, PDB-8hma:
Cryo-EM structure of human high-voltage activated L-type calcium channel CaV1.2 in complex with tetrandrine (TET)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

34892

8hmb

EMDB-34892, PDB-8hmb:
Cryo-EM structure of human high-voltage activated L-type calcium channel CaV1.2 in complex with benidipine (BEN)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-R16:
HEXADECANE / ヘキサデカン / ヘキサデカン

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

PDB-1ac9:
SOLUTION STRUCTURE OF A DNA DECAMER CONTAINING THE ANTIVIRAL DRUG GANCICLOVIR: COMBINED USE OF NMR, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, AND FULL RELAXATION REFINEMENT, 6 STRUCTURES

ChemComp-BMA:
beta-D-mannopyranose / β-D-マンノピラノ-ス / マンノース

PDB-1ac8:
VARIATION IN THE STRENGTH OF A CH TO O HYDROGEN BOND IN AN ARTIFICIAL PROTEIN CAVITY (3,4,5-TRIMETHYLTHIAZOLE)

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / apo state / tet bound state / ben bound state

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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