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タイトルSomatically hypermutated antibodies isolated from SARS-CoV-2 Delta infected patients cross-neutralize heterologous variants.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 1058, Year 2023
掲載日2023年2月24日
著者Haisheng Yu / Banghui Liu / Yudi Zhang / Xijie Gao / Qian Wang / Haitao Xiang / Xiaofang Peng / Caixia Xie / Yaping Wang / Peiyu Hu / Jingrong Shi / Quan Shi / Pingqian Zheng / Chengqian Feng / Guofang Tang / Xiaopan Liu / Liliangzi Guo / Xiumei Lin / Jiaojiao Li / Chuanyu Liu / Yaling Huang / Naibo Yang / Qiuluan Chen / Zimu Li / Mengzhen Su / Qihong Yan / Rongjuan Pei / Xinwen Chen / Longqi Liu / Fengyu Hu / Dan Liang / Bixia Ke / Changwen Ke / Feng Li / Jun He / Meiniang Wang / Ling Chen / Xiaoli Xiong / Xiaoping Tang /
PubMed 要旨SARS-CoV-2 Omicron variants feature highly mutated spike proteins with extraordinary abilities in evading antibodies isolated earlier in the pandemic. Investigation of memory B cells from patients ...SARS-CoV-2 Omicron variants feature highly mutated spike proteins with extraordinary abilities in evading antibodies isolated earlier in the pandemic. Investigation of memory B cells from patients primarily with breakthrough infections with the Delta variant enables isolation of a number of neutralizing antibodies cross-reactive to heterologous variants of concern (VOCs) including Omicron variants (BA.1-BA.4). Structural studies identify altered complementarity determining region (CDR) amino acids and highly unusual heavy chain CDR2 insertions respectively in two representative cross-neutralizing antibodies-YB9-258 and YB13-292. These features are putatively introduced by somatic hypermutation and they are heavily involved in epitope recognition to broaden neutralization breadth. Previously, insertions/deletions were rarely reported for antiviral antibodies except for those induced by HIV-1 chronic infections. These data provide molecular mechanisms for cross-neutralization of heterologous SARS-CoV-2 variants by antibodies isolated from Delta variant infected patients with implications for future vaccination strategy.
リンクNat Commun / PubMed:36828833 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.43 - 6.21 Å
構造データ

34649

8hc2

EMDB-34649, PDB-8hc2:
SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer (6P) in complex with 1 YB9-258 Fab (1 RBD up)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.21 Å

34650

8hc3

EMDB-34650, PDB-8hc3:
SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer (6P) in complex with 2 YB9-258 Fabs (2 RBD up)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.35 Å

34651

8hc4

EMDB-34651, PDB-8hc4:
SARS-CoV-2 wildtype spike trimer (6P) in complex with 3 YB9-258 Fabs and 3 R1-32 Fabs (3 RBD up)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

34652

8hc5

EMDB-34652, PDB-8hc5:
SARS-CoV-2 wildtype S1 in complex with YB9-258 Fab and R1-32 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

34653

8hc6

EMDB-34653, PDB-8hc6:
SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer (6P) in complex with YB9-258 Fab, focused refinement of Fab region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.69 Å

34654

8hc7

EMDB-34654, PDB-8hc7:
SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer (6P) complex with YB9-258 Fab, focused refinement of RBD-dimer region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.54 Å

34655

8hc8

EMDB-34655, PDB-8hc8:
SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer (6P) in complex with YB13-292 Fab, focused refinement of Fab region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.95 Å

34656

8hc9

EMDB-34656, PDB-8hc9:
SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer (6P) in complex with 3 YB13-292 Fabs (3 RBD down)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.03 Å

34657

8hca

EMDB-34657, PDB-8hca:
SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer (6P) in complex with 3 YB13-292 Fabs (1 RBD up)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.35 Å

34658

8hcb

EMDB-34658, PDB-8hcb:
SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer (6P) in complex with 3 YB13-292 Fabs (2 RBD up)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.18 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / Spike protein (スパイクタンパク質) / RBD / antibody (抗体) / Fab / Viral protein (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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