[日本語] English
文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルDissecting the intricacies of human antibody responses to SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2 infection.
ジャーナル・号・ページImmunity, Vol. 56, Issue 11, Page 2635-22649.e6, Year 2023
掲載日2023年11月14日
著者Ruoke Wang / Yang Han / Rui Zhang / Jiayi Zhu / Xuanyu Nan / Yaping Liu / Ziqing Yang / Bini Zhou / Jinfang Yu / Zichun Lin / Jinqian Li / Peng Chen / Yangjunqi Wang / Yujie Li / Dongsheng Liu / Xuanling Shi / Xinquan Wang / Qi Zhang / Yuhe R Yang / Taisheng Li / Linqi Zhang /
PubMed 要旨The 2003 severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV-1) causes more severe disease than SARS-CoV-2, which is responsible for COVID-19. However, our understanding of antibody response to ...The 2003 severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV-1) causes more severe disease than SARS-CoV-2, which is responsible for COVID-19. However, our understanding of antibody response to SARS-CoV-1 infection remains incomplete. Herein, we studied the antibody responses in 25 SARS-CoV-1 convalescent patients. Plasma neutralization was higher and lasted longer in SARS-CoV-1 patients than in severe SARS-CoV-2 patients. Among 77 monoclonal antibodies (mAbs) isolated, 60 targeted the receptor-binding domain (RBD) and formed 7 groups (RBD-1 to RBD-7) based on their distinct binding and structural profiles. Notably, RBD-7 antibodies bound to a unique RBD region interfaced with the N-terminal domain of the neighboring protomer (NTD proximal) and were more prevalent in SARS-CoV-1 patients. Broadly neutralizing antibodies for SARS-CoV-1, SARS-CoV-2, and bat and pangolin coronaviruses were also identified. These results provide further insights into the antibody response to SARS-CoV-1 and inform the design of more effective strategies against diverse human and animal coronaviruses.
リンクImmunity / PubMed:37924813
手法EM (単粒子)
解像度3.48 - 25.0 Å
構造データ

EMDB-34503: Immune complex of W322-3A8 IgG binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-34550: Immune complex of W322-3D10 IgG binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-34553: Immune complex of W328-5B1 IgG binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-34557: Immune complex of W322-3E12 IgG binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-34558: Immune complex of W305-2A5 IgG binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-34559: Immune complex of W313-6D11 IgG binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-34560: Immune complex of W322-3B1 Fab binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-34561: Immune complex of W322-3G5 IgG binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-34562: Immune complex of W328-6F1 IgG binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-34599: Immune complex of W305-2G7 IgG binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-34600: Immune complex of W305-2A4 Fab binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-34601: Immune complex of W328-6G6 Fab binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-34604: Immune complex of W328-6H2 Fab binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-34605: Immune complex of W322-3F4 Fab binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-34606: Immune complex of W322-3H7 Fab binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-36636: Cryo-EM structure of SARS-CoV-1 2P spike protein in complex with W328-6A1 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.48 Å

EMDB-36647: Cryo-EM structure of SARS-CoV-1 2P spike protein in complex with W328-6E10 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.07 Å

EMDB-36648: Cryo-EM structure of SARS-CoV-1 2P spike protein protomer in complex with W328-6E10 (local refine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.94 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る