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タイトルInsights into divalent cation regulation and G-coupling of orphan receptor GPR35.
ジャーナル・号・ページCell Discov, Vol. 8, Issue 1, Page 135, Year 2022
掲載日2022年12月21日
著者Jia Duan / Qiufeng Liu / Qingning Yuan / Yujie Ji / Shengnan Zhu / Yangxia Tan / Xinheng He / Youwei Xu / Jingjing Shi / Xi Cheng / Hualiang Jiang / H Eric Xu / Yi Jiang /
PubMed 要旨Endogenous ions play important roles in the function and pharmacology of G protein-coupled receptors (GPCRs) with limited atomic evidence. In addition, compared with G protein subtypes G, G, and G, ...Endogenous ions play important roles in the function and pharmacology of G protein-coupled receptors (GPCRs) with limited atomic evidence. In addition, compared with G protein subtypes G, G, and G, insufficient structural evidence is accessible to understand the coupling mechanism of G protein by GPCRs. Orphan receptor GPR35, which is predominantly expressed in the gastrointestinal tract and is closely related to inflammatory bowel diseases (IBDs), stands out as a prototypical receptor for investigating ionic modulation and G coupling. Here we report a cryo-electron microscopy structure of G-coupled GPR35 bound to an anti-allergic drug, lodoxamide. This structure reveals a novel divalent cation coordination site and a unique ionic regulatory mode of GPR35 and also presents a highly positively charged binding pocket and the complementary electrostatic ligand recognition mode, which explain the promiscuity of acidic ligand binding by GPR35. Structural comparison of the GPR35-G complex with other G protein subtypes-coupled GPCRs reveals a notable movement of the C-terminus of α5 helix of the Gα subunit towards the receptor core and the least outward displacement of the cytoplasmic end of GPR35 TM6. A featured 'methionine pocket' contributes to the G coupling by GPR35. Together, our findings provide a structural basis for divalent cation modulation, ligand recognition, and subsequent G protein coupling of GPR35 and offer a new opportunity for designing GPR35-targeted drugs for the treatment of IBDs.
リンクCell Discov / PubMed:36543774 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 Å
構造データ

34549

8h8j

EMDB-34549, PDB-8h8j:
Lodoxamide-bound GPR35 in complex with G13
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-WYB:
2,2'-[(2-chloro-5-cyano-1,3-phenylene)bis(azanediyl)]bis(oxoacetic acid) / ロドキサミド

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPR35 / G13 / Lodoxamide

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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