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タイトルDiverse modes of H3K36me3-guided nucleosomal deacetylation by Rpd3S.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 620, Issue 7974, Page 669-675, Year 2023
掲載日2023年7月19日
著者Haipeng Guan / Pei Wang / Pei Zhang / Chun Ruan / Yutian Ou / Bo Peng / Xiangdong Zheng / Jianlin Lei / Bing Li / Chuangye Yan / Haitao Li /
PubMed 要旨Context-dependent dynamic histone modifications constitute a key epigenetic mechanism in gene regulation. The Rpd3 small (Rpd3S) complex recognizes histone H3 trimethylation on lysine 36 (H3K36me3) ...Context-dependent dynamic histone modifications constitute a key epigenetic mechanism in gene regulation. The Rpd3 small (Rpd3S) complex recognizes histone H3 trimethylation on lysine 36 (H3K36me3) and deacetylates histones H3 and H4 at multiple sites across transcribed regions. Here we solved the cryo-electron microscopy structures of Saccharomyces cerevisiae Rpd3S in its free and H3K36me3 nucleosome-bound states. We demonstrated a unique architecture of Rpd3S, in which two copies of Eaf3-Rco1 heterodimers are asymmetrically assembled with Rpd3 and Sin3 to form a catalytic core complex. Multivalent recognition of two H3K36me3 marks, nucleosomal DNA and linker DNAs by Eaf3, Sin3 and Rco1 positions the catalytic centre of Rpd3 next to the histone H4 N-terminal tail for deacetylation. In an alternative catalytic mode, combinatorial readout of unmethylated histone H3 lysine 4 and H3K36me3 by Rco1 and Eaf3 directs histone H3-specific deacetylation except for the registered histone H3 acetylated lysine 9. Collectively, our work illustrates dynamic and diverse modes of multivalent nucleosomal engagement and methylation-guided deacetylation by Rpd3S, highlighting the exquisite complexity of epigenetic regulation with delicately designed multi-subunit enzymatic machineries in transcription and beyond.
リンクNature / PubMed:37468628 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.96 Å
構造データ

33845

7yi0

EMDB-33845: Cryo-EM map of Rpd3S complex
PDB-7yi0: Cryo-EM structure of Rpd3S complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-33846: Cryo-EM map of Rpd3S:head-bridge-right arm
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-33847: Cryo-EM map of Rpd3S:bridge-left arm
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

33848

7yi1

EMDB-33848: Cryo-EM map of Eaf3 CHD bound to H3K36me3 nucleosome
PDB-7yi1: Cryo-EM structure of Eaf3 CHD bound to H3K36me3 nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

33849

7yi2

EMDB-33849: Cryo-EM map of Rpd3S in loose-state Rpd3S-NCP complex
PDB-7yi2: Cryo-EM structure of Rpd3S in loose-state Rpd3S-NCP complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

33850

7yi3

EMDB-33850: Cryo-EM map of Rpd3S in close-state Rpd3S-NCP complex
PDB-7yi3: Cryo-EM structure of Rpd3S in close-state Rpd3S-NCP complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

33851

7yi4

EMDB-33851: Cryo-EM map of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in close state
PDB-7yi4: Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in close state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.96 Å

33852

7yi5

EMDB-33852: Cryo-EM msp of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in loose state
PDB-7yi5: Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in loose state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.96 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / Dynamic Histone Modifications / Histone Deacetylase Complex (ヒストン脱アセチル化酵素)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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