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タイトルCryo-EM structures of orphan GPR21 signaling complexes.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 216, Year 2023
掲載日2023年1月13日
著者Xi Lin / Bo Chen / Yiran Wu / Yingqi Han / Ao Qi / Junyan Wang / Zhao Yang / Xiaohu Wei / Tingting Zhao / Lijie Wu / Xin Xie / Jinpeng Sun / Jie Zheng / Suwen Zhao / Fei Xu /
PubMed 要旨GPR21 is a class-A orphan G protein-coupled receptor (GPCR) and a potential therapeutic target for type 2 diabetes and other metabolic disorders. This receptor shows high basal activity in coupling ...GPR21 is a class-A orphan G protein-coupled receptor (GPCR) and a potential therapeutic target for type 2 diabetes and other metabolic disorders. This receptor shows high basal activity in coupling to multiple G proteins in the absence of any known endogenous agonist or synthetic ligand. Here, we present the structures of ligand-free human GPR21 bound to heterotrimeric miniGs and miniG15 proteins, respectively. We identified an agonist-like motif in extracellular loop 2 (ECL2) that occupies the orthosteric pocket and promotes receptor activation. A side pocket that may be employed as a new ligand binding site was also uncovered. Remarkably, G protein binding is accommodated by a flexible cytoplasmic portion of transmembrane helix 6 (TM6) which adopts little or undetectable outward movement. These findings will enable the design of modulators for GPR21 for understanding its signal transduction and exploring opportunity for deorphanization.
リンクNat Commun / PubMed:36639690 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.12 - 3.8 Å
構造データ

33480

8hix

EMDB-33480: GPR21_m5_Gs
PDB-8hix: Cryo-EM structure of GPR21_m5_Gs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

33481

8hj2

EMDB-33481, PDB-8hj2:
GPR21 wt with G15 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

33482

8hj0

EMDB-33482, PDB-8hj0:
GPR21(m5) and G15 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

33483

8hj1

EMDB-33483, PDB-8hj1:
GPR21(wt) and Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / Orphan Receptor (オーファン受容体)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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