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Structure paper

タイトルDiverse high-torque bacterial flagellar motors assemble wider stator rings using a conserved protein scaffold.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 113, Issue 13, Page E1917-E1926, Year 2016
掲載日2016年3月29日
著者Morgan Beeby / Deborah A Ribardo / Caitlin A Brennan / Edward G Ruby / Grant J Jensen / David R Hendrixson /
PubMed 要旨Although it is known that diverse bacterial flagellar motors produce different torques, the mechanism underlying torque variation is unknown. To understand this difference better, we combined genetic ...Although it is known that diverse bacterial flagellar motors produce different torques, the mechanism underlying torque variation is unknown. To understand this difference better, we combined genetic analyses with electron cryo-tomography subtomogram averaging to determine in situ structures of flagellar motors that produce different torques, from Campylobacter and Vibrio species. For the first time, to our knowledge, our results unambiguously locate the torque-generating stator complexes and show that diverse high-torque motors use variants of an ancestrally related family of structures to scaffold incorporation of additional stator complexes at wider radii from the axial driveshaft than in the model enteric motor. We identify the protein components of these additional scaffold structures and elucidate their sequential assembly, demonstrating that they are required for stator-complex incorporation. These proteins are widespread, suggesting that different bacteria have tailored torques to specific environments by scaffolding alternative stator placement and number. Our results quantitatively account for different motor torques, complete the assignment of the locations of the major flagellar components, and provide crucial constraints for understanding mechanisms of torque generation and the evolution of multiprotein complexes.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:26976588 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度44.0 - 85.3 Å
構造データ

EMDB-3150:
Diverse high-torque bacterial flagellar motors assemble wider stator rings using a conserved protein scaffold
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 44.0 Å

EMDB-3154:
Salmonella enterica wild-type bacterial flagellar motor
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 69.4 Å

EMDB-3155:
Vibrio fischeri wild-type bacterial flagellar motor
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 63.0 Å

EMDB-3156:
Vibrio fischeri motB deletion bacterial flagellar motor
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 70.3 Å

EMDB-3157:
Campylobacter jejuni motB deletion bacterial flagellar motor
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 45.8 Å

EMDB-3158:
Campylobacter jejuni flgQ deletion bacterial flagellar motor
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 60.1 Å

EMDB-3159:
Campylobacter jejuni flgP deletion bacterial flagellar motor
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 61.2 Å

EMDB-3160:
Campylobacter jejuni pflA deletion bacterial flagellar motor
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 85.3 Å

EMDB-3161:
Campylobacter jejuni pflB deletion bacterial flagellar motor
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 61.9 Å

EMDB-3162:
Vibrio fischeri flgP deletion bacterial flagellar motor
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 81.0 Å

EMDB-3813:
Tomogram of the salmonella enterica wild-type bacterial flagellar motor
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
  • Salmonella enterica (サルモネラ菌)
  • Aliivibrio fischeri (バクテリア)
  • Salmonella (サルモネラ菌)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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