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Structure paper

タイトルStructure of a type IV pilus machinery in the open and closed state.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 4, Year 2015
掲載日2015年5月21日
著者Vicki A M Gold / Ralf Salzer / Beate Averhoff / Werner Kühlbrandt /
PubMed 要旨Proteins of the secretin family form large macromolecular complexes, which assemble in the outer membrane of Gram-negative bacteria. Secretins are major components of type II and III secretion ...Proteins of the secretin family form large macromolecular complexes, which assemble in the outer membrane of Gram-negative bacteria. Secretins are major components of type II and III secretion systems and are linked to extrusion of type IV pili (T4P) and to DNA uptake. By electron cryo-tomography of whole Thermus thermophilus cells, we determined the in situ structure of a T4P molecular machine in the open and the closed state. Comparison reveals a major conformational change whereby the N-terminal domains of the central secretin PilQ shift by ~30 Å, and two periplasmic gates open to make way for pilus extrusion. Furthermore, we determine the structure of the assembled pilus.
リンクElife / PubMed:25997099 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度32.0 - 45.0 Å
構造データ

EMDB-3021:
Structure of the type IV pilus machinery from Thermus thermophilus in the closed state
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 40.0 Å

EMDB-3022:
Structure of the type IV pilus machinery from Thermus thermophilus in the closed state
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.0 Å

EMDB-3023:
Structure of the type IV pilus machinery from Thermus thermophilus in the open state
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 45.0 Å

EMDB-3024:
Structure of the type IV pilus from Thermus thermophilus
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 32.0 Å

由来
  • Thermus thermophilus HB27 (サーマス・サーモフィルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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