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タイトルStructure of an endogenous mycobacterial MCE lipid transporter.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 620, Issue 7973, Page 445-452, Year 2023
掲載日2023年7月26日
著者James Chen / Alice Fruhauf / Catherine Fan / Jackeline Ponce / Beatrix Ueberheide / Gira Bhabha / Damian C Ekiert /
PubMed 要旨To replicate inside macrophages and cause tuberculosis, Mycobacterium tuberculosis must scavenge a variety of nutrients from the host. The mammalian cell entry (MCE) proteins are important virulence ...To replicate inside macrophages and cause tuberculosis, Mycobacterium tuberculosis must scavenge a variety of nutrients from the host. The mammalian cell entry (MCE) proteins are important virulence factors in M. tuberculosis, where they are encoded by large gene clusters and have been implicated in the transport of fatty acids and cholesterol across the impermeable mycobacterial cell envelope. Very little is known about how cargos are transported across this barrier, and it remains unclear how the approximately ten proteins encoded by a mycobacterial mce gene cluster assemble to transport cargo across the cell envelope. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the endogenous Mce1 lipid-import machine of Mycobacterium smegmatis-a non-pathogenic relative of M. tuberculosis. The structure reveals how the proteins of the Mce1 system assemble to form an elongated ABC transporter complex that is long enough to span the cell envelope. The Mce1 complex is dominated by a curved, needle-like domain that appears to be unrelated to previously described protein structures, and creates a protected hydrophobic pathway for lipid transport across the periplasm. Our structural data revealed the presence of a subunit of the Mce1 complex, which we identified using a combination of cryo-EM and AlphaFold2, and name LucB. Our data lead to a structural model for Mce1-mediated lipid import across the mycobacterial cell envelope.
リンクNature / PubMed:37495693
手法EM (単粒子)
解像度2.71 - 3.19 Å
構造データ

29023

8fed

EMDB-29023, PDB-8fed:
Structure of Mce1-LucB complex from Mycobacterium smegmatis (Map1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

29024

8fee

EMDB-29024, PDB-8fee:
Structure of Mce1 transporter from Mycobacterium smegmatis in the absence of LucB (Map2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

29025

8fef

EMDB-29025, PDB-8fef:
Structure of Mce1 transporter from Mycobacterium smegmatis (Map0)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.71 Å

EMDB-29228: Local refinement of MceG in Msmeg Mce1 transporter (Map0a)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

EMDB-29229: Local refinement of YrbE and MCE ring in Msmeg Mce1 transporter (Map0b)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

EMDB-29230: Local refinement of MCE ring and needle in Msmeg Mce1 transporter (Map0c)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

EMDB-29231: Local refinement of MCE needle and portal in Msmeg Mce1 transporter (Map0d)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-29232: Raw, consensus refinement of Msmeg Mce1 transporter (Map0e)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.92 Å

EMDB-29233: Local refinement of MceG in Msmeg Mce1-LucB complex (Map1a)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

EMDB-29234: Local refinement of YrbE, MCE ring, LucB in Msmeg Mce1-LucB complex (Map1b)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

EMDB-29235: Local refinement of MCE ring and needle in Msmeg Mce1-LucB complex (Map1c)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

EMDB-29236: Local refinement of MCE needle and portal in Msmeg Mce1-LucB complex (Map1d)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

EMDB-29237: Raw, consensus refinement of Msmeg Mce1-LucB complex (Map1e)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

EMDB-29238: Local refinement of MceG in Msmeg Mce1 transporter in the absence of LucB (Map2a)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

EMDB-29239: Local refinement of YrbE and MCE ring in Msmeg Mce1 transporter in the absence of LucB (Map2b)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

EMDB-29240: Local refinement of MCE ring and needle in Msmeg Mce1 transporter in the absence of LucB (Map2c)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

EMDB-29241: Local refinement of MCE needle and portal in Msmeg Mce1 transporter in the absence of LucB (Map2d)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

EMDB-29242: Raw, consensus refinement of Msmeg Mce1 transporter in the absence of LucB (Map2e)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

由来
  • mycolicibacterium smegmatis mc2 155 (バクテリア)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Membrane protein complex (生体膜) / ABC transporter / Virulence factor (病原性因子) / Lipid transport

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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