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タイトルCryo-electron tomography of the onion cell wall shows bimodally oriented cellulose fibers and reticulated homogalacturonan networks.
ジャーナル・号・ページCurr Biol, Vol. 32, Issue 11, Page 2375-22389.e6, Year 2022
掲載日2022年6月6日
著者William J Nicolas / Florian Fäßler / Przemysław Dutka / Florian K M Schur / Grant Jensen / Elliot Meyerowitz /
PubMed 要旨One hallmark of plant cells is their cell wall. They protect cells against the environment and high turgor and mediate morphogenesis through the dynamics of their mechanical and chemical properties. ...One hallmark of plant cells is their cell wall. They protect cells against the environment and high turgor and mediate morphogenesis through the dynamics of their mechanical and chemical properties. The walls are a complex polysaccharidic structure. Although their biochemical composition is well known, how the different components organize in the volume of the cell wall and interact with each other is not well understood and yet is key to the wall's mechanical properties. To investigate the ultrastructure of the plant cell wall, we imaged the walls of onion (Allium cepa) bulbs in a near-native state via cryo-focused ion beam milling (cryo-FIB milling) and cryo-electron tomography (cryo-ET). This allowed the high-resolution visualization of cellulose fibers in situ. We reveal the coexistence of dense fiber fields bathed in a reticulated matrix we termed "meshing," which is more abundant at the inner surface of the cell wall. The fibers adopted a regular bimodal angular distribution at all depths in the cell wall and bundled according to their orientation, creating layers within the cell wall. Concomitantly, employing homogalacturonan (HG)-specific enzymatic digestion, we observed changes in the meshing, suggesting that it is-at least in part-composed of HG pectins. We propose the following model for the construction of the abaxial epidermal primary cell wall: the cell deposits successive layers of cellulose fibers at -45° and +45° relative to the cell's long axis and secretes the surrounding HG-rich meshing proximal to the plasma membrane, which then migrates to more distal regions of the cell wall.
リンクCurr Biol / PubMed:35508170 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー) / EM (サブトモグラム平均)
構造データ

EMDB-26564: Cryo-electron tomogram of non-treated onion cell wall from scale #6 (related to Figure 2 and 4A-C of primary citation)
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-26568: Cryo-electron tomogram of non-treated onion cell wall from scale #2 (related to Figure 5B, D-E of primary citation)
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-26569: Cryo-electron tomogram of non-treated onion cell wall from scale #8 (related to Figure 3 of primary citation)
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-26570: Cryo-electron tomogram of 38% methylesterified purified pectins (related to Figure S6H-I from primary citation)
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-26571: Subtomogram average of a non-treated cellulose fiber (related to Figure 7A of primary citation)
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-26572: Subtomogram average of a bapta cellulose fiber (related to Figure 7B of primary citation)
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-26573: Subtomogram average of a pectate lyase cellulose fiber (related to Figure 7C of primary citation)
手法: EM (サブトモグラム平均)

由来
  • Allium cepa (タマネギ)
  • Citrus (ミカン属)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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