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タイトルCryoEM of endogenous mammalian V-ATPase interacting with the TLDc protein mEAK-7.
ジャーナル・号・ページLife Sci Alliance, Vol. 5, Issue 11, Year 2022
掲載日2022年7月6日
著者Yong Zi Tan / Yazan M Abbas / Jing Ze Wu / Di Wu / Kristine A Keon / Geoffrey G Hesketh / Stephanie A Bueler / Anne-Claude Gingras / Carol V Robinson / Sergio Grinstein / John L Rubinstein /
PubMed 要旨V-ATPases are rotary proton pumps that serve as signaling hubs with numerous protein binding partners. CryoEM with exhaustive focused classification allowed detection of endogenous proteins ...V-ATPases are rotary proton pumps that serve as signaling hubs with numerous protein binding partners. CryoEM with exhaustive focused classification allowed detection of endogenous proteins associated with porcine kidney V-ATPase. An extra C subunit was found in ∼3% of complexes, whereas ∼1.6% of complexes bound mEAK-7, a protein with proposed roles in dauer formation in nematodes and mTOR signaling in mammals. High-resolution cryoEM of porcine kidney V-ATPase with recombinant mEAK-7 showed that mEAK-7's TLDc domain interacts with V-ATPase's stator, whereas its C-terminal α helix binds V-ATPase's rotor. This crosslink would be expected to inhibit rotary catalysis. However, unlike the yeast TLDc protein Oxr1p, exogenous mEAK-7 does not inhibit V-ATPase and mEAK-7 overexpression in cells does not alter lysosomal or phagosomal pH. Instead, cryoEM suggests that the mEAK-7:V-ATPase interaction is disrupted by ATP-induced rotation of the rotor. Comparison of Oxr1p and mEAK-7 binding explains this difference. These results show that V-ATPase binding by TLDc domain proteins can lead to effects ranging from strong inhibition to formation of labile interactions that are sensitive to the enzyme's activity.
リンクLife Sci Alliance / PubMed:35794005 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 4.1 Å
構造データ

26385

7u8o

EMDB-26385, PDB-7u8o:
Structure of porcine V-ATPase with mEAK7 and SidK, Rotary state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

26386

7u8p

EMDB-26386, PDB-7u8p:
Structure of porcine kidney V-ATPase with SidK, Rotary State 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

26387

7u8q

EMDB-26387, PDB-7u8q:
Structure of porcine kidney V-ATPase with SidK, Rotary State 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

26388

7u8r

EMDB-26388, PDB-7u8r:
Structure of porcine kidney V-ATPase with SidK, Rotary State 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

由来
  • sus scrofa (ブタ)
  • legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / proton translocation / complex / TLDc

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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