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Structure paper

タイトルImproved mammalian retromer cryo-EM structures reveal a new assembly interface.
ジャーナル・号・ページJ Biol Chem, Vol. 298, Issue 11, Page 102523, Year 2022
掲載日2022年9月26日
著者Amy K Kendall / Mintu Chandra / Boyang Xie / William Wan / Lauren P Jackson /
PubMed 要旨Retromer (VPS26/VPS35/VPS29 subunits) assembles with multiple sorting nexin proteins on membranes to mediate endosomal recycling of transmembrane protein cargoes. Retromer has been implicated in ...Retromer (VPS26/VPS35/VPS29 subunits) assembles with multiple sorting nexin proteins on membranes to mediate endosomal recycling of transmembrane protein cargoes. Retromer has been implicated in other cellular processes, including mitochondrial homeostasis, nutrient sensing, autophagy, and fission events. Mechanisms for mammalian retromer assembly remain undefined, and retromer engages multiple sorting nexin proteins to sort cargoes to different destinations. Published structures demonstrate mammalian retromer forms oligomers in vitro, but several structures were poorly resolved. We report here improved retromer oligomer structures using single-particle cryo-EM by combining data collected from tilted specimens with multiple advancements in data processing, including using a 3D starting model for enhanced automated particle picking in RELION. We used a retromer mutant (3KE retromer) that breaks VPS35-mediated interfaces to determine a structure of a new assembly interface formed by the VPS26A and VPS35 N-termini. The interface reveals how an N-terminal VPS26A arrestin saddle can link retromer chains by engaging a neighboring VPS35 N- terminus, on the opposite side from the well-characterized C-VPS26/N-VPS35 interaction observed within heterotrimers. The new interaction interface exhibits substantial buried surface area (∼7000 Å) and further suggests that metazoan retromer may serve as an adaptable scaffold.
リンクJ Biol Chem / PubMed:36174678 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.5 - 7.3 Å
構造データ

EMDB-26340: Mouse retromer (VPS26/VPS35 E615A/D616A/E617A mutant/VPS29) 3KE particle sub-structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.2 Å

EMDB-26341: Mouse retromer (VPS26/VPS35 E615A/D616A/E617A mutant/VPS29) 3KE particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.1 Å

EMDB-26342: Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) dimer of heterotrimers
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.0 Å

EMDB-26343: Mouse retromer sub-structure: VPS35/VPS35 curved dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.3 Å

EMDB-26345: Mouse retromer sub-structure: VPS35/VPS35 flat substructure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

PDB-7u6f:
Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) heterotrimers
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 4.9 Å

化合物

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / retromer (レトロマー) / membrane trafficking / endosomal trafficking / membrane coat complexes / PROTEIN TRANSPORT

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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