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タイトルHomotypic fibrillization of TMEM106B across diverse neurodegenerative diseases.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 185, Issue 8, Page 1346-1355.e15, Year 2022
掲載日2022年4月14日
著者Andrew Chang / Xinyu Xiang / Jing Wang / Carolyn Lee / Tamta Arakhamia / Marija Simjanoska / Chi Wang / Yari Carlomagno / Guoan Zhang / Shikhar Dhingra / Manon Thierry / Jolien Perneel / Bavo Heeman / Lauren M Forgrave / Michael DeTure / Mari L DeMarco / Casey N Cook / Rosa Rademakers / Dennis W Dickson / Leonard Petrucelli / Michael H B Stowell / Ian R A Mackenzie / Anthony W P Fitzpatrick /
PubMed 要旨Misfolding and aggregation of disease-specific proteins, resulting in the formation of filamentous cellular inclusions, is a hallmark of neurodegenerative disease with characteristic filament ...Misfolding and aggregation of disease-specific proteins, resulting in the formation of filamentous cellular inclusions, is a hallmark of neurodegenerative disease with characteristic filament structures, or conformers, defining each proteinopathy. Here we show that a previously unsolved amyloid fibril composed of a 135 amino acid C-terminal fragment of TMEM106B is a common finding in distinct human neurodegenerative diseases, including cases characterized by abnormal aggregation of TDP-43, tau, or α-synuclein protein. A combination of cryoelectron microscopy and mass spectrometry was used to solve the structures of TMEM106B fibrils at a resolution of 2.7 Å from postmortem human brain tissue afflicted with frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 pathology (FTLD-TDP, n = 8), progressive supranuclear palsy (PSP, n = 2), or dementia with Lewy bodies (DLB, n = 1). The commonality of abundant amyloid fibrils composed of TMEM106B, a lysosomal/endosomal protein, to a broad range of debilitating human disorders indicates a shared fibrillization pathway that may initiate or accelerate neurodegeneration.
リンクCell / PubMed:35247328 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度2.7 - 23.0 Å
構造データ

26268

7u0z

EMDB-26268, PDB-7u0z:
High-resolution map of tau filament from progressive supranuclear palsy (PSP) case 1
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.2 Å

26273

7u10

EMDB-26273, PDB-7u10:
TMEM106B(120-254) protofilament from progressive supranuclear palsy (PSP) case 2
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.0 Å

26274

7u11

EMDB-26274, PDB-7u11:
TMEM106B(120-254) protofilament from frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 pathology (FTLD-TDP) type A (case 1)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.2 Å

26275

7u12

EMDB-26275, PDB-7u12:
TMEM106B(120-254) singlet amyloid fibril from frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 pathology (FTLD-TDP) type A (case 2)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.5 Å

26276

7u13

EMDB-26276, PDB-7u13:
TMEM106B(120-254) singlet amyloid fibril from frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 pathology (FTLD-TDP) type A (case 4)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.9 Å

26277

7u14

EMDB-26277, PDB-7u14:
TMEM106B(120-254) singlet amyloid fibril from frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 pathology (FTLD-TDP) type C (case 8)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.5 Å

26278

7u15

7u17

EMDB-26278, PDB-7u15:
TMEM106B(120-254) singlet amyloid fibril from frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 pathology (FTLD-TDP) type B case 2 (case 7).
PDB-7u17: TMEM106B(120-254) T185S singlet amyloid fibril from frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 pathology (FTLD-TDP) type B case 2 (case 7).
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.0 Å

26279

7u16

7u18

EMDB-26279, PDB-7u16:
TMEM106B(120-254) protofilament from frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 pathology (FTLD-TDP) type A (all cases combined).
PDB-7u18: TMEM106B(120-254) T185S protofilament from frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 pathology (FTLD-TDP) type A (all cases combined).
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-26281: TMEM106B(120-254) singlet amyloid fibril from dementia with Lewy bodies (DLB).
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 7.6 Å

EMDB-26282: TMEM106B(120-254) doublet amyloid fibril from dementia with Lewy bodies (DLB).
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.8 Å

EMDB-26283: Low-resolution map of tau filament from progressive supranuclear palsy (PSP) case 3.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 23.0 Å

EMDB-26284: TMEM106B(120-254) singlet amyloid fibril from progressive supranuclear palsy (PSP) case 1.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-26285: TMEM106B(120-254) singlet amyloid fibril from progressive supranuclear palsy (PSP) case 2.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-26286: TMEM106B(120-254) doublet amyloid fibril from progressive supranuclear palsy (PSP) case 2.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-26287:
TMEM106B(120-254) doublet amyloid fibril from frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 pathology (FTLD-TDP) type C (case 8).
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-26288:
TMEM106B(120-254) singlet amyloid fibril from frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 pathology (FTLD-TDP) type B (case 6).
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 7.2 Å

EMDB-26289:
TMEM106B(120-254) doublet amyloid fibril from frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 pathology (FTLD-TDP) type A (case 5).
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.9 Å

EMDB-26290:
TMEM106B(120-254) doublet amyloid fibril from frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 pathology (FTLD-TDP) type A (case 4).
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-26291:
TMEM106B(120-254) doublet amyloid fibril from frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 pathology (FTLD-TDP) type A (case 3).
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 7.0 Å

EMDB-26292:
TMEM106B(120-254) singlet amyloid fibril from frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 pathology (FTLD-TDP) type A (case 3).
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-26293:
TMEM106B(120-254) doublet amyloid fibril from frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 pathology (FTLD-TDP) type A (case 2).
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-26294:
TMEM106B(120-254) doublet amyloid fibril from frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 pathology (FTLD-TDP) type A (case 1).
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-26295:
TMEM106B(120-254) singlet amyloid fibril from frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 pathology (FTLD-TDP) type A (case 1).
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-26296:
TMEM106B(120-254) singlet amyloid fibril from frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 pathology (FTLD-TDP) type A (all cases combined).
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPROTEIN FIBRIL / Tau protein (タウタンパク質) / Amyloid fibril (アミロイド) / TMEM106B / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / UNKNOWN FUNCTION

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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