[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルBatch Production of High-Quality Graphene Grids for Cryo-EM: Cryo-EM Structure of Soluble Methane Monooxygenase Hydroxylase.
ジャーナル・号・ページACS Nano, Vol. 17, Issue 6, Page 6011-6022, Year 2023
掲載日2023年3月28日
著者Eungjin Ahn / Byungchul Kim / Soyoung Park / Amanda L Erwin / Suk Hyun Sung / Robert Hovden / Shyamal Mosalaganti / Uhn-Soo Cho /
PubMed 要旨Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has become a widely used tool for determining the protein structure. Despite recent technical advances, sample preparation remains a major bottleneck for ...Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has become a widely used tool for determining the protein structure. Despite recent technical advances, sample preparation remains a major bottleneck for several reasons, including protein denaturation at the air-water interface, the presence of preferred orientations, nonuniform ice layers, etc. Graphene, a two-dimensional allotrope of carbon consisting of a single atomic layer, has recently gained attention as a near-ideal support film for cryo-EM that can overcome these challenges because of its superior properties, including mechanical strength and electrical conductivity. Here, we introduce a reliable, easily implemented, and reproducible method to produce 36 graphene-coated grids within 1.5 days. To demonstrate their practical application, we determined the cryo-EM structure of soluble methane monooxygenase hydroxylase (sMMOH) at resolutions of 2.9 and 2.5 Å using Quantifoil and graphene-coated grids, respectively. We found that the graphene-coated grid has several advantages, including a smaller amount of protein required and avoiding protein denaturation at the air-water interface. By comparing the cryo-EM structure of sMMOH with its crystal structure, we identified subtle yet significant geometrical changes at the nonheme diiron center, which may better indicate the active site configuration of sMMOH in the resting/oxidized state.
リンクACS Nano / PubMed:36926824 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.4 - 2.9 Å
構造データ

25804

7tc7

EMDB-25804, PDB-7tc7:
Cryo-EM structure of methane monooxygenase hydroxylase (by quantifoil)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

25805

7tc8

EMDB-25805, PDB-7tc8:
Cryo-EM structure of methane monooxygenase hydroxylase (by graphene)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

化合物

ChemComp-FE:
Unknown entry / 鉄

由来
  • Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア)
  • methylococcus capsulatus (バクテリア)
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / methane monooxygenase (メタンモノオキシゲナーゼ) / hydroxylase (ヒドロキシル化) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / electron transport (電子伝達系)

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る