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Structure paper

タイトルMolecular structures and conformations of protocadherin-15 and its complexes on stereocilia elucidated by cryo-electron tomography.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 10, Year 2021
掲載日2021年12月29日
著者Johannes Elferich / Sarah Clark / Jingpeng Ge / April Goehring / Aya Matsui / Eric Gouaux /
PubMed 要旨Mechanosensory transduction (MT), the conversion of mechanical stimuli into electrical signals, underpins hearing and balance and is carried out within hair cells in the inner ear. Hair cells harbor ...Mechanosensory transduction (MT), the conversion of mechanical stimuli into electrical signals, underpins hearing and balance and is carried out within hair cells in the inner ear. Hair cells harbor actin-filled stereocilia, arranged in rows of descending heights, where the tips of stereocilia are connected to their taller neighbors by a filament composed of protocadherin 15 (PCDH15) and cadherin 23 (CDH23), deemed the 'tip link.' Tension exerted on the tip link opens an ion channel at the tip of the shorter stereocilia, thus converting mechanical force into an electrical signal. While biochemical and structural studies have provided insights into the molecular composition and structure of isolated portions of the tip link, the architecture, location, and conformational states of intact tip links, on stereocilia, remains unknown. Here, we report in situ cryo-electron microscopy imaging of the tip link in mouse stereocilia. We observe individual PCDH15 molecules at the tip and shaft of stereocilia and determine their stoichiometry, conformational heterogeneity, and their complexes with other filamentous proteins, perhaps including CDH23. The PCDH15 complexes occur in clusters, frequently with more than one copy of PCDH15 at the tip of stereocilia, suggesting that tip links might consist of more than one copy of PCDH15 complexes and, by extension, might include multiple MT complexes.
リンクElife / PubMed:34964715 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー)
構造データ

EMDB-25046:
Tomogram of mPCDH15/39G7-AuNP complex
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-25047:
Tomogram of mouse stereocilia containing PCDH15 molecules labeled with 39G7-AuNPs
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-25048:
Tomogram of mouse stereocilia containing PCDH15 molecules labeled with 39G7-AuNPs
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-25049:
Tomogram of mouse stereocilia containing PCDH15 molecules labeled with 39G7-AuNPs
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-25050:
Tomogram of mouse stereocilia containing PCDH15 molecules labeled with 39G7-AuNPs
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-25051:
Tomogram of mouse stereocilia containing PCDH15 molecules labeled with 39G7-AuNPs
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-25052:
Tomogram of mouse stereocilia containing PCDH15 molecules labeled with 39G7-AuNPs
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-25053:
Tomogram of mouse stereocilia containing PCDH15 molecules labeled with 39G7-AuNPs
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-25054:
Tomogram of mouse stereocilia containing PCDH15 molecules labeled with 39G7-AuNPs
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-25055:
Tomogram of mouse stereocilia containing PCDH15 molecules labeled with 39G7-AuNPs
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-25056:
Tomogram of mouse stereocilia containing PCDH15 molecules labeled with 39G7-AuNPs
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-25057:
Tomogram of mouse stereocilia containing PCDH15 molecules labeled with 39G7-AuNPs
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-25058:
Tomogram of mouse stereocilia containing PCDH15 molecules labeled with 39G7-AuNPs
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-25059:
Tomogram of mouse stereocilia containing PCDH15 molecules labeled with 39G7-AuNPs
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-25060:
Tomogram of mouse stereocilia containing PCDH15 molecules labeled with 39G7-AuNPs
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-25061:
Tomogram of mouse stereocilia containing PCDH15 molecules labeled with 39G7-AuNPs
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • Mus musculus (ハツカネズミ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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