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タイトルStructures of a phycobilisome in light-harvesting and photoprotected states.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 609, Issue 7928, Page 835-845, Year 2022
掲載日2022年8月31日
著者María Agustina Domínguez-Martín / Paul V Sauer / Henning Kirst / Markus Sutter / David Bína / Basil J Greber / Eva Nogales / Tomáš Polívka / Cheryl A Kerfeld /
PubMed 要旨Phycobilisome (PBS) structures are elaborate antennae in cyanobacteria and red algae. These large protein complexes capture incident sunlight and transfer the energy through a network of embedded ...Phycobilisome (PBS) structures are elaborate antennae in cyanobacteria and red algae. These large protein complexes capture incident sunlight and transfer the energy through a network of embedded pigment molecules called bilins to the photosynthetic reaction centres. However, light harvesting must also be balanced against the risks of photodamage. A known mode of photoprotection is mediated by orange carotenoid protein (OCP), which binds to PBS when light intensities are high to mediate photoprotective, non-photochemical quenching. Here we use cryogenic electron microscopy to solve four structures of the 6.2 MDa PBS, with and without OCP bound, from the model cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803. The structures contain a previously undescribed linker protein that binds to the membrane-facing side of PBS. For the unquenched PBS, the structures also reveal three different conformational states of the antenna, two previously unknown. The conformational states result from positional switching of two of the rods and may constitute a new mode of regulation of light harvesting. Only one of the three PBS conformations can bind to OCP, which suggests that not every PBS is equally susceptible to non-photochemical quenching. In the OCP-PBS complex, quenching is achieved through the binding of four 34 kDa OCPs organized as two dimers. The complex reveals the structure of the active form of OCP, in which an approximately 60 Å displacement of its regulatory carboxy terminal domain occurs. Finally, by combining our structure with spectroscopic properties, we elucidate energy transfer pathways within PBS in both the quenched and light-harvesting states. Collectively, our results provide detailed insights into the biophysical underpinnings of the control of cyanobacterial light harvesting. The data also have implications for bioengineering PBS regulation in natural and artificial light-harvesting systems.
リンクNature / PubMed:36045294
手法EM (単粒子)
解像度2.1 - 3.5 Å
構造データ

EMDB-25028, PDB-7sc7:
Synechocystis PCC 6803 Phycobilisome core from up-down rod conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-25029, PDB-7sc8:
Synechocystis PCC 6803 Phycobilisome rod from PBS sample
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.1 Å

EMDB-25030, PDB-7sc9:
Synechocystis PCC 6803 Phycobilisome core, complex with OCP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-25031, PDB-7sca:
Synechocystis PCC 6803 Phycobilisome rod from OCP-PBS complex sample
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.1 Å

EMDB-25032, PDB-7scb:
B-cylinder of Synechocystis PCC 6803 Phycobilisome, complex with OCP - local refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-25033, PDB-7scc:
T-cylinder of Synechocystis PCC 6803 Phycobilisome, complex with OCP - local refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-25068: Synechocystis PCC 6803 Phycobilisome in complex with OCP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-25069: Synechocystis PCC 6803 Phycobilisome in the up-down rod conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-25070: Synechocystis PCC 6803 Phycobilisome in the down-down conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-25071: Synechocystis PCC 6803 Phycobilisome in the up-up rod conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

化合物

ChemComp-CYC:
PHYCOCYANOBILIN / フィコシアノビリン

ChemComp-HOH:
WATER /

ChemComp-45D:
beta,beta-carotene-4,4'-dione / カンタキサンチン / カンタキサンチン

由来
  • Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
  • synechocystis sp. pcc 6803 substr. kazusa (バクテリア)
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / Complex / light harvesting / pigment (顔料)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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