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タイトルStructure and desensitization of AMPA receptor complexes with type II TARP γ5 and GSG1L.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 81, Issue 23, Page 4771-44783.e7, Year 2021
掲載日2021年12月2日
著者Oleg Klykov / Shanti Pal Gangwar / Maria V Yelshanskaya / Laura Yen / Alexander I Sobolevsky /
PubMed 要旨AMPA receptors (AMPARs) mediate the majority of excitatory neurotransmission. Their surface expression, trafficking, gating, and pharmacology are regulated by auxiliary subunits. Of the two types of ...AMPA receptors (AMPARs) mediate the majority of excitatory neurotransmission. Their surface expression, trafficking, gating, and pharmacology are regulated by auxiliary subunits. Of the two types of TARP auxiliary subunits, type I TARPs assume activating roles, while type II TARPs serve suppressive functions. We present cryo-EM structures of GluA2 AMPAR in complex with type II TARP γ5, which reduces steady-state currents, increases single-channel conductance, and slows recovery from desensitization. Regulation of AMPAR function depends on its ligand-binding domain (LBD) interaction with the γ5 head domain. GluA2-γ5 complex shows maximum stoichiometry of two TARPs per AMPAR tetramer, being different from type I TARPs but reminiscent of the auxiliary subunit GSG1L. Desensitization of both GluA2-GSG1L and GluA2-γ5 complexes is accompanied by rupture of LBD dimer interface, while GluA2-γ5 but not GluA2-GSG1L LBD dimers remain two-fold symmetric. Different structural architectures and desensitization mechanisms of complexes with auxiliary subunits endow AMPARs with broad functional capabilities.
リンクMol Cell / PubMed:34678168 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 4.4 Å
構造データ

24748

7ryy

EMDB-24748, PDB-7ryy:
Structure of the complex of LBD-TMD part of AMPA receptor GluA2 with auxiliary subunit TARP gamma-5 bound to agonist glutamate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

24749

7ryz

EMDB-24749, PDB-7ryz:
Structure of the complex of LBD-TMD part of AMPA receptor GluA2 with auxiliary subunit GSG1L bound to agonist quisqualate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.15 Å

24750

7rz4

EMDB-24750, PDB-7rz4:
Structure of the complex of AMPA receptor GluA2 with auxiliary subunit TARP gamma-5 bound to competitive antagonist ZK 200775
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

24751

7rz5

EMDB-24751, PDB-7rz5:
Structure of the complex of LBD-TMD part of AMPA receptor GluA2 with auxiliary subunit TARP gamma-5 bound to competitive antagonist ZK 200775
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

24752

7rz6

EMDB-24752, PDB-7rz6:
Structure of the complex of AMPA receptor GluA2 with auxiliary subunit TARP gamma-5 bound to agonist glutamate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

24753

7rz7

EMDB-24753, PDB-7rz7:
Structure of the complex of AMPA receptor GluA2 with auxiliary subunit TARP gamma-5 bound to agonist Quisqualate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

24754

7rz8

EMDB-24754, PDB-7rz8:
Structure of the complex of LBD-TMD part of AMPA receptor GluA2 with auxiliary subunit TARP gamma-5 bound to agonist quisqualate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

24755

7rz9

EMDB-24755, PDB-7rz9:
Structure of the complex of AMPA receptor GluA2 with auxiliary subunit GSG1L in the apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.15 Å

24756

7rza

EMDB-24756, PDB-7rza:
Structure of the complex of AMPA receptor GluA2 with auxiliary subunit GSG1L bound to agonist quisqualate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.26 Å

化合物

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / DOPC, リン脂質*YM

ChemComp-GLU:
GLUTAMIC ACID / グルタミン酸 / グルタミン酸

ChemComp-QUS:
(S)-2-AMINO-3-(3,5-DIOXO-[1,2,4]OXADIAZOLIDIN-2-YL)-PROPIONIC ACID / キスカル酸 / アゴニスト*YM / キスカル酸

ChemComp-ZK1:
{[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid / ZK-200775 / アンタゴニスト, 薬剤*YM / Fanapanel

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / AMPA receptor (AMPA型グルタミン酸受容体) / ion channel (イオンチャネル) / neurotransmission / synapse (シナプス) / TARP gamma-5 / GSG1L

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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