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Structure paper

タイトルArchitecture of respiratory syncytial virus revealed by electron cryotomography.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 110, Issue 27, Page 11133-11138, Year 2013
掲載日2013年7月2日
著者Lassi Liljeroos / Magdalena Anna Krzyzaniak / Ari Helenius / Sarah Jane Butcher /
PubMed 要旨Human respiratory syncytial virus is a human pathogen that causes severe infection of the respiratory tract. Current information about the structure of the virus and its interaction with host cells ...Human respiratory syncytial virus is a human pathogen that causes severe infection of the respiratory tract. Current information about the structure of the virus and its interaction with host cells is limited. We carried out an electron cryotomographic characterization of cell culture-grown human respiratory syncytial virus to determine the architecture of the virion. The particles ranged from 100 nm to 1,000 nm in diameter and were spherical, filamentous, or a combination of the two. The filamentous morphology correlated with the presence of a cylindrical matrix protein layer linked to the inner leaflet of the viral envelope and with local ordering of the glycoprotein spikes. Recombinant viruses with only the fusion protein in their envelope showed that these glycoproteins were predominantly in the postfusion conformation, but some were also in the prefusion form. The ribonucleocapsids were left-handed, randomly oriented, and curved inside the virions. In filamentous particles, they were often adjacent to an intermediate layer of protein assigned to M2-1 (an envelope-associated protein known to mediate association of ribonucleocapsids with the matrix protein). Our results indicate important differences in structure between the Paramyxovirinae and Pneumovirinae subfamilies within the Paramyxoviridae, and provide fresh insights into host cell exit of a serious pathogen.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:23776214 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度36.0 - 47.0 Å
構造データ

EMDB-2391:
Human Respiratory Syncytial Virus ribonucleocapsid
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 40.0 Å

EMDB-2392:
Electron cryomicroscopy of human Respiratory Syncytial Virus prefusion F
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 47.0 Å

EMDB-2393:
Electron cryomicroscopy of human Respiratory Syncytial Virus postfusion F
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 36.0 Å

由来
  • Human respiratory syncytial virus (RSウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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