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タイトルAn atomic model for the human septin hexamer by cryo-EM.
ジャーナル・号・ページJ Mol Biol, Vol. 433, Issue 15, Page 167096, Year 2021
掲載日2021年7月23日
著者Deborah C Mendonça / Samuel L Guimarães / Humberto D'Muniz Pereira / Andressa A Pinto / Marcelo A de Farias / Andre S de Godoy / Ana P U Araujo / Marin van Heel / Rodrigo V Portugal / Richard C Garratt /
PubMed 要旨In order to form functional filaments, human septins must assemble into hetero-oligomeric rod-like particles which polymerize end-to-end. The rules governing the assembly of these particles and the ...In order to form functional filaments, human septins must assemble into hetero-oligomeric rod-like particles which polymerize end-to-end. The rules governing the assembly of these particles and the subsequent filaments are incompletely understood. Although crystallographic approaches have been successful in studying the separate components of the system, there has been difficulty in obtaining high resolution structures of the full particle. Here we report a first cryo-EM structure for a hexameric rod composed of human septins 2, 6 and 7 with a global resolution of ~3.6 Å and a local resolution of between ~3.0 Å and ~5.0 Å. By fitting the previously determined high-resolution crystal structures of the component subunits into the cryo-EM map, we are able to provide an essentially complete model for the particle. This exposes SEPT2 NC-interfaces at the termini of the hexamer and leaves internal cavities between the SEPT6-SEPT7 pairs. The floor of the cavity is formed by the two α helices including their polybasic regions. These are locked into place between the two subunits by interactions made with the α and α helices of the neighbouring monomer together with its polyacidic region. The cavity may serve to provide space allowing the subunits to move with respect to one another. The elongated particle shows a tendency to bend at its centre where two copies of SEPT7 form a homodimeric G-interface. Such bending is almost certainly related to the ability of septin filaments to recognize and even induce membrane curvature.
リンクJ Mol Biol / PubMed:34116125
手法EM (単粒子)
解像度3.6 Å
構造データ

23698

7m6j

EMDB-23698, PDB-7m6j:
Human Septin Hexameric Complex SEPT2G/SEPT6/SEPT7 by Single Particle Cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン二リン酸

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / Complex / SPA / Cytoskeleton (細胞骨格)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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