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タイトルNative architecture of the centriole proximal region reveals features underlying its 9-fold radial symmetry.
ジャーナル・号・ページCurr Biol, Vol. 23, Issue 17, Page 1620-1628, Year 2013
掲載日2013年9月9日
著者Paul Guichard / Virginie Hachet / Norbert Majubu / Aitana Neves / Davide Demurtas / Natacha Olieric / Isabelle Fluckiger / Akinori Yamada / Kumiko Kihara / Yuichiro Nishida / Shigeharu Moriya / Michel O Steinmetz / Yuichi Hongoh / Pierre Gönczy /
PubMed 要旨BACKGROUND: Centrioles are cylindrical microtubule-based structures whose assembly is critical for the formation of cilia, flagella, and centrosomes. The centriole proximal region harbors a cartwheel ...BACKGROUND: Centrioles are cylindrical microtubule-based structures whose assembly is critical for the formation of cilia, flagella, and centrosomes. The centriole proximal region harbors a cartwheel that dictates the 9-fold symmetry of centrioles. Although the cartwheel architecture has been recently analyzed, how it connects to the peripheral microtubules is not understood. More generally, a high-resolution view of the proximal region of the centriole is lacking, thus limiting understanding of the underlying assembly mechanisms.
RESULTS: We report the complete architecture of the Trichonympha centriole proximal region using cryotomography. The resulting 3D map reveals several features, including additional densities in the cartwheel that exhibit a 9-fold symmetrical arrangement, as well as the structure of the Pinhead and the A-C linker that connect to microtubules. Moreover, we uncover striking chiral features that might impart directionality to the entire centriole. Furthermore, we identify Trichonympha SAS-6 and demonstrate that it localizes to the cartwheel in vivo.
CONCLUSIONS: Our work provides unprecedented insight into the architecture of the centriole proximal region, which is key for a thorough understanding of the mechanisms governing centriole assembly.
リンクCurr Biol / PubMed:23932403
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度38.0 - 42.0 Å
構造データ

EMDB-11049:
Electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the proximal basal body triplet from Trichonympha
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 42.0 Å

EMDB-2329:
electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the Trichonympha proximal basal body
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 38.0 Å

EMDB-2330:
Electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the proximal basal body triplet from Trichonympha
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 42.0 Å

由来
  • Trichonympha sp. (真核生物)
  • Trichonympha (真核生物)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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