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タイトルCryo-EM structure of an activated GPCR-G protein complex in lipid nanodiscs.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 28, Issue 3, Page 258-267, Year 2021
掲載日2021年2月25日
著者Meng Zhang / Miao Gui / Zi-Fu Wang / Christoph Gorgulla / James J Yu / Hao Wu / Zhen-Yu J Sun / Christoph Klenk / Lisa Merklinger / Lena Morstein / Franz Hagn / Andreas Plückthun / Alan Brown / Mahmoud L Nasr / Gerhard Wagner /
PubMed 要旨G-protein-coupled receptors (GPCRs) are the largest superfamily of transmembrane proteins and the targets of over 30% of currently marketed pharmaceuticals. Although several structures have been ...G-protein-coupled receptors (GPCRs) are the largest superfamily of transmembrane proteins and the targets of over 30% of currently marketed pharmaceuticals. Although several structures have been solved for GPCR-G protein complexes, few are in a lipid membrane environment. Here, we report cryo-EM structures of complexes of neurotensin, neurotensin receptor 1 and Gαβγ in two conformational states, resolved to resolutions of 4.1 and 4.2 Å. The structures, determined in a lipid bilayer without any stabilizing antibodies or nanobodies, reveal an extended network of protein-protein interactions at the GPCR-G protein interface as compared to structures obtained in detergent micelles. The findings show that the lipid membrane modulates the structure and dynamics of complex formation and provide a molecular explanation for the stronger interaction between GPCRs and G proteins in lipid bilayers. We propose an allosteric mechanism for GDP release, providing new insights into the activation of G proteins for downstream signaling.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:33633398 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.1 - 4.5 Å
構造データ

23099

7l0p

EMDB-23099: Structure of NTS-NTSR1-Gi complex in lipid nanodisc, canonical state, AHD and nanodisc mask out
PDB-7l0p: Structure of NTS-NTSR1-Gi complex in lipid nanodisc, canonical state, without AHD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

23100

7l0q

EMDB-23100: Structure of NTS-NTSR1-Gi complex in lipid nanodisc, canonical state, overall
PDB-7l0q: Structure of NTS-NTSR1-Gi complex in lipid nanodisc, canonical state, with AHD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

23101

7l0r

EMDB-23101: Structure of NTS-NTSR1-Gi complex in lipid nanodisc, noncanonical state, AHD and nanodisc mask out
PDB-7l0r: Structure of NTS-NTSR1-Gi complex in lipid nanodisc, noncanonical state, without AHD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

23102

7l0s

EMDB-23102: Structure of NTS-NTSR1-Gi complex in lipid nanodisc, noncanonical state, overall
PDB-7l0s: Structure of NTS-NTSR1-Gi complex in lipid nanodisc, noncanonical state, with AHD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / NTSR1 / NTS / G protein (Gタンパク質) / Nanodisc

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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