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タイトルHIV-1 Envelope and MPER Antibody Structures in Lipid Assemblies.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 31, Issue 4, Page 107583, Year 2020
掲載日2020年4月28日
著者Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Aleksandar Antanasijevic / Torben Schiffner / Xi Zhang / Wen-Hsin Lee / Jonathan L Torres / Lei Zhang / Adriana Irimia / Jeffrey Copps / Kenneth H Zhou / Young D Kwon / William H Law / Chaim A Schramm / Raffaello Verardi / Shelly J Krebs / Peter D Kwong / Nicole A Doria-Rose / Ian A Wilson / Michael B Zwick / John R Yates / William R Schief / Andrew B Ward /
PubMed 要旨Structural and functional studies of HIV envelope glycoprotein (Env) as a transmembrane protein have long been complicated by challenges associated with inherent flexibility of the molecule and the ...Structural and functional studies of HIV envelope glycoprotein (Env) as a transmembrane protein have long been complicated by challenges associated with inherent flexibility of the molecule and the membrane-embedded hydrophobic regions. Here, we present approaches for incorporating full-length, wild-type HIV-1 Env, as well as C-terminally truncated and stabilized versions, into lipid assemblies, providing a modular platform for Env structural studies by single particle electron microscopy. We reconstitute a full-length Env clone into a nanodisc, complex it with a membrane-proximal external region (MPER) targeting antibody 10E8, and structurally define the full quaternary epitope of 10E8 consisting of lipid, MPER, and ectodomain contacts. By aligning this and other Env-MPER antibody complex reconstructions with the lipid bilayer, we observe evidence of Env tilting as part of the neutralization mechanism for MPER-targeting antibodies. We also adapt the platform toward vaccine design purposes by introducing stabilizing mutations that allow purification of unliganded Env with a peptidisc scaffold.
リンクCell Rep / PubMed:32348769 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.6 - 26.0 Å
構造データ

EMDB-21321:
Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 in complex with PGT151 Fab and VRC42.01 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.4 Å

EMDB-21322:
Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 in complex with PGT151 Fab and VRC42.01 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.2 Å

EMDB-21323:
Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 in complex with PGT151 Fab and VRC42.N1 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.6 Å

EMDB-21324:
Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 in complex with PGT151 Fab and DH511.2 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.6 Å

EMDB-21326:
Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64FL in complex with PGT151 Fab and VRC46.01 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.0 Å

EMDB-21327:
Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 in complex with PGT151 Fab and two copies of PGZL1 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-21328:
Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 in complex with PGT151 Fab and 10E8v4-5R+100cF Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.8 Å

EMDB-21329:
Nanodisc of C-terminally truncated HIV-1 Envelope glycoprotein clone BG505 in complex with PGT151 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-21330:
Ectodomain from nanodisc of C-terminally truncated HIV-1 Envelope glycoprotein clone BG505 in complex with PGT151 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-21331:
Nanodisc of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64FL in complex with PGT151 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.1 Å

EMDB-21332:
Nanodisc of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 in complex with two PGT151 Fabs and one 10E8 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-21333:
Nanodisc of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 in complex with two PGT151 Fabs and three 10E8 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.4 Å

EMDB-21334:
Nanodisc of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 in complex with one PGT151 Fab and two 10E8 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.2 Å

EMDB-21335, PDB-6vpx:
Nanodisc of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 in complex with one PGT151 Fab and three 10E8 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-21336:
Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 in DOPC-CHS bicelle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-21337:
Complex of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 and VRC42.01 Fab in DOPC-DOPS-CHS bicelle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-21338:
Complex of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 and DH511.2 Fab in DOPC-DOPS-CHS bicelle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-21339:
Complex of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 and PGT151 Fab in DOPC-DOPS nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-21340:
Complex of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 and VRC42.N1 Fab in DOPC-DOPS-CHS bicelle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-21341:
Complex of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 and VRC42.01 Fab in DOPC-DOPS-CHS nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-21342:
Complex of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 and 10E8 Fab in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-21343:
HIV-1 Envelope glycoprotein clone BG505-ST-710 in DOPC-DOPS-CHS peptidisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-21344:
Complex of HIV-1 Envelope glycoprotein clone BG505-ST-710 and 10E8 Fab in DOPC-DOPS-CHS peptidisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-44E:
(2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl dihexanoate / 1,2-ジカプロイル-sn-ホスファチジン酸 / リン脂質*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / Envelope glycoprotein / Env / neutralizing antibody (中和抗体) / nanodisc / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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