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タイトルPolarity and asymmetry in the arrangement of dynein and related structures in the Chlamydomonas axoneme.
ジャーナル・号・ページJ Cell Biol, Vol. 198, Issue 5, Page 913-925, Year 2012
掲載日2012年9月3日
著者Khanh Huy Bui / Toshiki Yagi / Ryosuke Yamamoto / Ritsu Kamiya / Takashi Ishikawa /
PubMed 要旨Understanding the molecular architecture of the flagellum is crucial to elucidate the bending mechanism produced by this complex organelle. The current known structure of the flagellum has not yet ...Understanding the molecular architecture of the flagellum is crucial to elucidate the bending mechanism produced by this complex organelle. The current known structure of the flagellum has not yet been fully correlated with the complex composition and localization of flagellar components. Using cryoelectron tomography and subtomogram averaging while distinguishing each one of the nine outer doublet microtubules, we systematically collected and reconstructed the three-dimensional structures in different regions of the Chlamydomonas flagellum. We visualized the radial and longitudinal differences in the flagellum. One doublet showed a distinct structure, whereas the other eight were similar but not identical to each other. In the proximal region, some dyneins were missing or replaced by minor dyneins, and outer-inner arm dynein links were variable among different microtubule doublets. These findings shed light on the intricate organization of Chlamydomonas flagella, provide clues to the mechanism that produces asymmetric flagellar beating, and pose a new challenge for the functional study of the flagella.
リンクJ Cell Biol / PubMed:22945936 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度36.3 - 47.0 Å
構造データ

EMDB-2113:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 1 in the center region of Chlamydomonas axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 47.0 Å

EMDB-2114:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 2 in the distal region of Chlamydomonas axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 47.0 Å

EMDB-2115:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 3 in the distal region of Chlamydomonas axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 47.0 Å

EMDB-2116:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 4 in the distal region of Chlamydomonas axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 47.0 Å

EMDB-2117:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 5 in the distal region of Chlamydomonas axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 47.0 Å

EMDB-2118:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 9 in the distal/central region of Chlamydomonas axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 47.0 Å

EMDB-2119:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 1 in the proximal region of Chlamydomonas axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 44.0 Å

EMDB-2120:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 2 in the proximal region of Chlamydomonas axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 45.7 Å

EMDB-2121:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 6 in the distal/central region of Chlamydomonas axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 45.7 Å

EMDB-2122:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 7 in the distal region of Chlamydomonas axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 45.7 Å

EMDB-2123:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 8 in the distal/central region of Chlamydomonas axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 47.0 Å

EMDB-2124:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 3 in the proximal region of Chlamydomonas axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 41.5 Å

EMDB-2125:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 5 in the proximal region of Chlamydomonas axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 45.7 Å

EMDB-2126:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 6 in the proximal region of Chlamydomonas axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 44.0 Å

EMDB-2127:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 7 in the proximal region of Chlamydomonas axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 45.7 Å

EMDB-2128:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 8 in the proximal region of Chlamydomonas axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 42.9 Å

EMDB-2129:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 9 in the proximal region of Chlamydomonas axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 42.9 Å

EMDB-2130:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 4 in the proximal region of Chlamydomonas axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 41.6 Å

EMDB-2131:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 2-9 in the proximal region of Chlamydomonas flagella
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 36.3 Å

EMDB-2132:
Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 2-8 in the distal/central region of Chlamydomonas flagella
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 36.8 Å

由来
  • Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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