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タイトルHigh-resolution view of the type III secretion export apparatus in situ reveals membrane remodeling and a secretion pathway.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 116, Issue 49, Page 24786-24795, Year 2019
掲載日2019年12月3日
著者Carmen Butan / Maria Lara-Tejero / Wenwei Li / Jun Liu / Jorge E Galán /
PubMed 要旨Type III protein secretion systems are essential virulence factors for many important pathogenic bacteria. The entire protein secretion machine is composed of several substructures that organize into ...Type III protein secretion systems are essential virulence factors for many important pathogenic bacteria. The entire protein secretion machine is composed of several substructures that organize into a holostructure or injectisome. The core component of the injectisome is the needle complex, which houses the export apparatus that serves as a gate for the passage of the secreted proteins through the bacterial inner membrane. Here, we describe a high-resolution structure of the export apparatus of the type III secretion system in association with the needle complex and the underlying bacterial membrane, both in isolation and in situ. We show the precise location of the core export apparatus components within the injectisome and bacterial envelope and demonstrate that their deployment results in major membrane remodeling and thinning, which may be central for the protein translocation process. We also show that InvA, a critical export apparatus component, forms a multiring cytoplasmic conduit that provides a pathway for the type III secretion substrates to reach the entrance of the export gate. Combined with structure-guided mutagenesis, our studies provide major insight into potential mechanisms of protein translocation and injectisome assembly.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:31744874 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均)
解像度3.3 - 17.0 Å
構造データ

EMDB-20830:
Cryo-EM reconstruction of the inner membrane rings containing the core components of the export apparatus and associated membranes of the needle complex from Salmonella typhimurium type III secretion system.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.93 Å

EMDB-20831:
Cryo-EM reconstruction shows that the needle complex's inner rings from Salmonella assemble with 23-fold symmetry in the absence of the export apparatus.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

EMDB-20832, PDB-6uot:
Cryo-EM structure of the PrgHK periplasmic ring from the Salmonella SPI-1 type III secretion needle complex solved at 3.3 angstrom resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-20833, PDB-6uov:
Cryo-EM reconstruction of the PrgHK periplasmic ring from Salmonella's needle complex assembled in the absence of the export apparatus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-20838:
In situ structure of the export apparatus in Salmonella T3SS machine
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 17.0 Å

由来
  • salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium (サルモネラ菌)
  • Salmonella enterica subsp. enterica serovar Abony (サルモネラ菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / BACTERIAL NANOMACHINE / TYPE III SECRETION SYSTEM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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