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タイトルSub-3 Å apoferritin structure determined with full range of phase shifts using a single position of volta phase plate.
ジャーナル・号・ページJ Struct Biol, Vol. 206, Issue 2, Page 225-232, Year 2019
掲載日2019年5月1日
著者Kunpeng Li / Chen Sun / Thomas Klose / Jose Irimia-Dominguez / Frank S Vago / Ruben Vidal / Wen Jiang /
PubMed 要旨Volta Phase Plate (VPP) has become an invaluable tool for cryo-EM structural determination of small protein complexes by increasing image contrast. Currently, the standard protocol of VPP usage ...Volta Phase Plate (VPP) has become an invaluable tool for cryo-EM structural determination of small protein complexes by increasing image contrast. Currently, the standard protocol of VPP usage periodically changes the VPP position to a fresh spot during data collection. Such a protocol was to target the phase shifts to a relatively narrow range (around 90°) based on the observations of increased phase shifts and image blur associated with more images taken with a single VPP position. Here, we report a 2.87 Å resolution structure of apoferritin reconstructed from a dataset collected using only a single position of VPP. The reconstruction resolution and map density features are nearly identical to the reconstruction from the control dataset collected with periodic change of VPP positions. Further experiments have verified that similar results, including a 2.5 Å resolution structure, could be obtained with a full range of phase shifts, different spots of variable phase shift increasing rates, and at different ages of the VPP post-installation. Furthermore, we have found that the phase shifts at low resolutions, probably related to the finite size of the Volta spots, could not be correctly modeled by current CTF model using a constant phase shift at all frequencies. In dataset III, severe beam tilt issue was identified but could be computationally corrected with iterative refinements. The observations in this study may provide new insights into further improvement of both the efficiency and robustness of VPP, and to help turn VPP into a plug-and-play device for high-resolution cryo-EM.
リンクJ Struct Biol / PubMed:30928614 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.51 - 2.94 Å
構造データ

EMDB-20225:
Dataset I: Sub-3 Angstrom Apoferritin Structure Determined With Full Range of Phase Shifts Using A Single Position Of Volta Phase Plate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.94 Å

EMDB-20227:
Dataset II: Sub-3 Angstrom Apoferritin Structure Determined With Full Range of Phase Shifts Using A Single Position Of Volta Phase Plate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

EMDB-20228:
Dataset III: Sub-3 Angstrom Apoferritin Structure Determined With Full Range of Phase Shifts Using A Single Position Of Volta Phase Plate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.51 Å

EMDB-20229:
Dataset IV: Sub-3 Angstrom Apoferritin Structure Determined With Full Range of Phase Shifts Using A Single Position Of Volta Phase Plate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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