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タイトルStructural Basis for the Inhibition of CRISPR-Cas12a by Anti-CRISPR Proteins.
ジャーナル・号・ページCell Host Microbe, Vol. 25, Issue 6, Page 815-826.e4, Year 2019
掲載日2019年6月12日
著者Heng Zhang / Zhuang Li / Courtney M Daczkowski / Clinton Gabel / Andrew D Mesecar / Leifu Chang /
PubMed 要旨CRISPR-Cas12a (Cpf1), a type V CRISPR-associated nuclease, provides bacterial immunity against bacteriophages and plasmids but also serves as a tool for genome editing. Foreign nucleic acids are ...CRISPR-Cas12a (Cpf1), a type V CRISPR-associated nuclease, provides bacterial immunity against bacteriophages and plasmids but also serves as a tool for genome editing. Foreign nucleic acids are integrated into the CRISPR locus, prompting transcription of CRISPR RNAs (crRNAs) that guide Cas12a cleavage of foreign complementary DNA. However, mobile genetic elements counteract Cas12a with inhibitors, notably type V-A anti-CRISPRs (AcrVAs). We present cryoelectron microscopy structures of Cas12a-crRNA bound to AcrVA1 and AcrVA4 at 3.5 and 3.3 Å resolutions, respectively. AcrVA1 is sandwiched between the recognition (REC) and nuclease (NUC) lobes of Cas12a and inserts into the binding pocket for the protospacer-adjacent motif (PAM), a short DNA sequence guiding Cas12a targeting. AcrVA1 cleaves crRNA in a Cas12a-dependent manner, inactivating Cas12a-crRNA complexes. The AcrVA4 dimer is anchored around the crRNA pseudoknot of Cas12a-crRNA, preventing required conformational changes for crRNA-DNA heteroduplex formation. These results uncover molecular mechanisms for CRISPR-Cas12a inhibition, providing insights into bacteria-phage dynamics.
リンクCell Host Microbe / PubMed:31155345
手法EM (単粒子)
解像度3.38 - 6.97 Å
構造データ

0445

6nma

EMDB-0445, PDB-6nma:
CryoEM structure of the LbCas12a-crRNA-AcrVA4 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

0446

6nmc

EMDB-0446, PDB-6nmc:
CryoEM structure of the LbCas12a-crRNA-2xAcrVA1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.24 Å

0447

6nmd

EMDB-0447, PDB-6nmd:
cryo-EM Structure of the LbCas12a-crRNA-AcrVA1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

0449

6nme

EMDB-0449, PDB-6nme:
Structure of LbCas12a-crRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.67 Å

20132

6omv

EMDB-20132, PDB-6omv:
CryoEM structure of the LbCas12a-crRNA-AcrVA4-DNA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-20182:
Dimeric DNA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.97 Å

9398

6nm9

EMDB-9398, PDB-6nm9:
CryoEM structure of the LbCas12a-crRNA-AcrVA4 dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • lachnospiraceae bacterium nd2006 (バクテリア)
  • moraxella bovoculi (モラクセラ・ボーボクリ)
  • Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
キーワードUNKNOWN FUNCTION/RNA / UNKNOWN FUNCTION-RNA complex / RNA (リボ核酸) / UNKNOWN FUNCTION/DNA/RNA / UNKNOWN FUNCTION-DNA-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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