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タイトルStructure of the Cag type IV secretion system.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 8, Year 2019
掲載日2019年6月18日
著者Jeong Min Chung / Michael J Sheedlo / Anne M Campbell / Neha Sawhney / Arwen E Frick-Cheng / Dana Borden Lacy / Timothy L Cover / Melanie D Ohi /
PubMed 要旨Bacterial type IV secretion systems (T4SSs) are molecular machines that can mediate interbacterial DNA transfer through conjugation and delivery of effector molecules into host cells. The Cag T4SS ...Bacterial type IV secretion systems (T4SSs) are molecular machines that can mediate interbacterial DNA transfer through conjugation and delivery of effector molecules into host cells. The Cag T4SS translocates CagA, a bacterial oncoprotein, into gastric cells, contributing to gastric cancer pathogenesis. We report the structure of a membrane-spanning Cag T4SS assembly, which we describe as three sub-assemblies: a 14-fold symmetric outer membrane core complex (OMCC), 17-fold symmetric periplasmic ring complex (PRC), and central stalk. Features that differ markedly from those of prototypical T4SSs include an expanded OMCC and unexpected symmetry mismatch between the OMCC and PRC. This structure is one of the largest bacterial secretion system assemblies ever reported and illustrates the remarkable structural diversity that exists among bacterial T4SSs.
リンクElife / PubMed:31210639 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 5.4 Å
構造データ

20020

6odi

6oee

6oef

6oeg

6oeh

EMDB-20020: Reconstruction of a T4SS OMCC
PDB-6odi: Structure of CagY from a cryo-EM reconstruction of a T4SS
PDB-6oee: Structure of CagT from a cryo-EM reconstruction of a T4SS
PDB-6oef: PolyAla Model of the O-layer from the Type 4 Secretion System of H. pylori
PDB-6oeg: Structure of CagX from a cryo-EM reconstruction of a T4SS
PDB-6oeh: PolyAla Model of OMCC I-Layer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

20021

6odj

EMDB-20021, PDB-6odj:
PolyAla Model of the PRC from the Type 4 Secretion System of H. pylori
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-20022:
Reconstruction of a T4SS OMCC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-20023:
Reconstruction of a T4SS OMCC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

由来
  • helicobacter pylori (ピロリ菌)
キーワードTRANSLOCASE (輸送酵素) / T4SS / Secretion (分泌) / H. pylori (ヘリコバクター・ピロリ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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