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タイトルEpitope insertion at the N-terminal molecular switch of the rabbit hemorrhagic disease virus T = 3 capsid protein leads to larger T = 4 capsids.
ジャーナル・号・ページJ Virol, Vol. 86, Issue 12, Page 6470-6480, Year 2012
掲載日2012年4月4日
著者Daniel Luque / José M González / Josué Gómez-Blanco / Roberto Marabini / Javier Chichón / Ignacio Mena / Iván Angulo / José L Carrascosa / Nuria Verdaguer / Benes L Trus / Juan Bárcena / José R Castón /
PubMed 要旨Viruses need only one or a few structural capsid proteins to build an infectious particle. This is possible through the extensive use of symmetry and the conformational polymorphism of the structural ...Viruses need only one or a few structural capsid proteins to build an infectious particle. This is possible through the extensive use of symmetry and the conformational polymorphism of the structural proteins. Using virus-like particles (VLP) from rabbit hemorrhagic disease virus (RHDV) as a model, we addressed the basis of calicivirus capsid assembly and their application in vaccine design. The RHDV capsid is based on a T=3 lattice containing 180 identical subunits (VP1). We determined the structure of RHDV VLP to 8.0-Å resolution by three-dimensional cryoelectron microscopy; in addition, we used San Miguel sea lion virus (SMSV) and feline calicivirus (FCV) capsid subunit structures to establish the backbone structure of VP1 by homology modeling and flexible docking analysis. Based on the three-domain VP1 model, several insertion mutants were designed to validate the VP1 pseudoatomic model, and foreign epitopes were placed at the N- or C-terminal end, as well as in an exposed loop on the capsid surface. We selected a set of T and B cell epitopes of various lengths derived from viral and eukaryotic origins. Structural analysis of these chimeric capsids further validates the VP1 model to design new chimeras. Whereas most insertions are well tolerated, VP1 with an FCV capsid protein-neutralizing epitope at the N terminus assembled into mixtures of T=3 and larger T=4 capsids. The calicivirus capsid protein, and perhaps that of many other viruses, thus can encode polymorphism modulators that are not anticipated from the plane sequence, with important implications for understanding virus assembly and evolution.
リンクJ Virol / PubMed:22491457 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度8.9 - 24.4 Å
構造データ

1933

3zue

EMDB-1933: wt Rabbit Hemorrhagic Disease Virus (RHDV)capsid
PDB-3zue: Rabbit Hemorrhagic Disease Virus (RHDV)capsid protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.3 Å

EMDB-1934:
L17 Rabbit Hemorrhagic Disease Virus (RHDV)capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.9 Å

EMDB-1935:
L42 Rabbit Hemorrhagic Disease Virus (RHDV)capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.3 Å

EMDB-1936:
N42 Rabbit Hemorrhagic Disease Virus (RHDV) T3 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-1937:
N42 Rabbit Hemorrhagic Disease Virus (RHDV) T4 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.4 Å

EMDB-1938:
C42 Rabbit Hemorrhagic Disease Virus (RHDV) capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.7 Å

EMDB-1939:
Rabbit Hemorrhagic Disease Virus (RHDV)capsid calculated from merged wt, L17 and N42 data sets
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.9 Å

由来
  • rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)
キーワードVIRUS (ウイルス) / CAGE DESIGN / MOLECULAR SWITCH / PROTEIN ENGINEERING (タンパク質工学) / STRUCTURAL POLYMORPHISM / VIRUS ASSEMBLY (ウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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