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Structure paper

タイトルStructural basis of archaeal RNA polymerase transcription elongation and Spt4/5 recruitment.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Year 2024
掲載日2024年5月6日
著者Daniela Tarău / Felix Grünberger / Michael Pilsl / Robert Reichelt / Florian Heiß / Sabine König / Henning Urlaub / Winfried Hausner / Christoph Engel / Dina Grohmann /
PubMed 要旨Archaeal transcription is carried out by a multi-subunit RNA polymerase (RNAP) that is highly homologous in structure and function to eukaryotic RNAP II. Among the set of basal transcription factors, ...Archaeal transcription is carried out by a multi-subunit RNA polymerase (RNAP) that is highly homologous in structure and function to eukaryotic RNAP II. Among the set of basal transcription factors, only Spt5 is found in all domains of life, but Spt5 has been shaped during evolution, which is also reflected in the heterodimerization of Spt5 with Spt4 in Archaea and Eukaryotes. To unravel the mechanistic basis of Spt4/5 function in Archaea, we performed structure-function analyses using the archaeal transcriptional machinery of Pyrococcus furiosus (Pfu). We report single-particle cryo-electron microscopy reconstructions of apo RNAP and the archaeal elongation complex (EC) in the absence and presence of Spt4/5. Surprisingly, Pfu Spt4/5 also binds the RNAP in the absence of nucleic acids in a distinct super-contracted conformation. We show that the RNAP clamp/stalk module exhibits conformational flexibility in the apo state of RNAP and that the enzyme contracts upon EC formation or Spt4/5 engagement. We furthermore identified a contact of the Spt5-NGN domain with the DNA duplex that stabilizes the upstream boundary of the transcription bubble and impacts Spt4/5 activity in vitro. This study, therefore, provides the structural basis for Spt4/5 function in archaeal transcription and reveals a potential role beyond the well-described support of elongation.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:38709902
手法EM (単粒子)
解像度3.02 - 3.45 Å
構造データ

16809

8cro

EMDB-16809, PDB-8cro:
Cryo-EM structure of Pyrococcus furiosus transcription elongation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

16929

8oki

EMDB-16929, PDB-8oki:
Cryo-EM structure of Pyrococcus furiosus transcription elongation complex bound to Spt4/5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.45 Å

17130

8orq

EMDB-17130, PDB-8orq:
Cryo-EM structure of Pyrococcus furiosus apo form RNA polymerase open clamp conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

17366

8p2i

EMDB-17366, PDB-8p2i:
Cryo-EM structure of Pyrococcus furiosus apo form RNA polymerase contracted clamp conformation with Spt4/5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

19033

8rbo

EMDB-19033, PDB-8rbo:
Cryo-EM structure of Pyrococcus furiosus apo form RNA polymerase contracted clamp conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • pyrococcus furiosus dsm 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA (リボ核酸) / Polymerase (ポリメラーゼ) / Elongation / Complex / Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) / Archaea (古細菌) / DNA (デオキシリボ核酸) / Elongation complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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