[日本語] English
文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructural conservation of antibiotic interaction with ribosomes.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 30, Issue 9, Page 1380-1392, Year 2023
掲載日2023年8月7日
著者Helge Paternoga / Caillan Crowe-McAuliffe / Lars V Bock / Timm O Koller / Martino Morici / Bertrand Beckert / Alexander G Myasnikov / Helmut Grubmüller / Jiří Nováček / Daniel N Wilson /
PubMed 要旨The ribosome is a major target for clinically used antibiotics, but multidrug resistant pathogenic bacteria are making our current arsenal of antimicrobials obsolete. Here we present cryo-electron- ...The ribosome is a major target for clinically used antibiotics, but multidrug resistant pathogenic bacteria are making our current arsenal of antimicrobials obsolete. Here we present cryo-electron-microscopy structures of 17 distinct compounds from six different antibiotic classes bound to the bacterial ribosome at resolutions ranging from 1.6 to 2.2 Å. The improved resolution enables a precise description of antibiotic-ribosome interactions, encompassing solvent networks that mediate multiple additional interactions between the drugs and their target. Our results reveal a high structural conservation in the binding mode between antibiotics with the same scaffold, including ordered water molecules. Water molecules are visualized within the antibiotic binding sites that are preordered, become ordered in the presence of the drug and that are physically displaced on drug binding. Insight into RNA-ligand interactions will facilitate development of new antimicrobial agents, as well as other RNA-targeting therapies.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:37550453 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度1.64 - 2.2 Å
構造データ

EMDB-16520, PDB-8ca7:
Omadacycline and spectinomycin bound to the 30S ribosomal subunit head
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.06 Å

EMDB-16526, PDB-8cai:
Streptomycin and Hygromycin B bound to the 30S body
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.08 Å

EMDB-16530, PDB-8cam:
Evernimicin bound to the 50S subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.86 Å

EMDB-16536, PDB-8caz:
empty 30S head
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.11 Å

EMDB-16612, PDB-8cep:
Kasugamycin bound to the 30S body
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.04 Å

EMDB-16613, PDB-8ceu:
Retapamulin and Capreomycin bound to the 50S subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.83 Å

EMDB-16615, PDB-8cf1:
Tetracycline bound to the 30S head
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.82 Å

EMDB-16620, PDB-8cf8:
Eravacycline bound to the 30S head
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

EMDB-16641, PDB-8cgd:
Clindamycin bound to the 50S subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.98 Å

EMDB-16644, PDB-8cgi:
Pentacycline TP038 bound to the 30S head
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.89 Å

EMDB-16645, PDB-8cgj:
Streptomycin bound to the 30S body
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.79 Å

EMDB-16646, PDB-8cgk:
Lincomycin and Avilamycin bound to the 50S subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.64 Å

EMDB-16650, PDB-8cgr:
Apramycin bound to the 30S body
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.12 Å

EMDB-16651, PDB-8cgu:
Gentamicin bound to the 30S body
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.89 Å

EMDB-16652, PDB-8cgv:
Tiamulin bound to the 50S subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.66 Å

化合物

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-U3B:
Omadacycline

ChemComp-SCM:
SPECTINOMYCIN / スペクチノマイシン / 抗生剤*YM / スペクチノマイシン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER /

ChemComp-HY0:
HYGROMYCIN B VARIANT

ChemComp-5I0:
[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-2-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-2-[(1~{R},2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-2,4-bis[[azaniumylidene(azanyl)methyl]amino]-3,5,6-tris(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-4-[bis(oxidanyl)methyl]-5-methyl-4-oxidanyl-oxolan-3-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-3-yl]-methyl-azanium

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩

ChemComp-6O1:
Evernimicin

ChemComp-KSG:
(1S,2R,3S,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXYL / カスガマイシン / 抗生剤*YM / カスガマイシン

ChemComp-G34:
Retapamulin / レタパムリン / 抗生剤*YM / Retapamulin

ChemComp-TAC:
TETRACYCLINE / テトラサイクリン / 薬剤, 抗生剤*YM / テトラサイクリン

ChemComp-YQM:
Eravacycline / 抗生剤*YM / Eravacycline

ChemComp-CLY:
CLINDAMYCIN / クリンダマイシン / 薬剤, 抗生剤*YM / クリンダマイシン

ChemComp-AM2:
APRAMYCIN / 抗生剤*YM / アプラマイシン

ChemComp-P8F:
Pentacycline

ChemComp-3QB:
LINCOMYCIN / リンコマイシン / 抗生剤*YM / リンコマイシン

ChemComp-6UQ:
(2R,3S,4R,6S)-4-hydroxy-6-{[(2R,3aR,4R,4'R,5'S,6S,6'R,7aR)-4'-hydroxy-6-{[(2S,3R,4R,5S,6R)-3-hydroxy-2-{[(2R,3S,4S,5S,6S)-4-hydroxy-6-({(2R,3aS,3a'R,6S,6'R,7R,7'R,7aR,7a'R)-7'-hydroxy-7'-[(1S)-1-hydroxyethyl]-6'-methyl-7-[(2-methylpropanoyl)oxy]octahydro-4H-2,4'-spirobi[[1,3]dioxolo[4,5-c]pyran]-6-yl}oxy)-5-methoxy-2-(methoxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]oxy}-5-methoxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}-4,6',7a-trimethyloctahydro-4H-spiro[1,3-dioxolo[4,5-c]pyran-2,2'-pyran]-5'-yl]oxy}-2-methyltetrahydro-2H-pyran-3-yl 3,5-dichloro-4-hydroxy-2-methoxy-6-methylbenzoate (non-preferred name)

ChemComp-LLL:
(2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR / ゲンタマイシンC1a

ChemComp-MUL:
TIAMULIN / チアムリン / 抗生剤, Antimicrobial*YM / チアムリン

由来
  • escherichia coli bw25113 (大腸菌)
  • streptomyces californicus (バクテリア)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / antibiotics (抗生物質) / spectinomycin (スペクチノマイシン) / omadacycline / Antibiotic (抗生物質)

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る