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Structure paper

タイトルThe 3-dimensional structure of a hepatitis C virus p7 ion channel by electron microscopy.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 106, Issue 31, Page 12712-12716, Year 2009
掲載日2009年8月4日
著者Philipp Luik / Chee Chew / Jussi Aittoniemi / Jason Chang / Paul Wentworth / Raymond A Dwek / Philip C Biggin / Catherine Vénien-Bryan / Nicole Zitzmann /
PubMed 要旨Infection with the hepatitis C virus (HCV) has a huge impact on global health putting more than 170 million people at risk of developing severe liver disease. The HCV encoded p7 ion channel is ...Infection with the hepatitis C virus (HCV) has a huge impact on global health putting more than 170 million people at risk of developing severe liver disease. The HCV encoded p7 ion channel is essential for the production of infectious viruses. Despite a growing body of functional data, little is known about the 3-dimensional (3D) structure of the channel. Here, we present the 3D structure of a full-length viroporin, the detergent-solubilized hexameric 42 kDa form of the HCV p7 ion channel, as determined by single-particle electron microscopy using the random conical tilting approach. The reconstruction of such a small protein complex was made possible by a combination of high-contrast staining, the symmetry, and the distinct structural features of the channel. The orientation of the p7 monomers within the density was established using immunolabeling with N and C termini specific F(ab) fragments. The density map at a resolution of approximately 16 A reveals a flower-shaped protein architecture with protruding petals oriented toward the ER lumen. This broadest part of the channel presents a comparatively large surface area providing potential interaction sites for cellular and virally encoded ER resident proteins.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:19590017 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度16.0 Å
構造データ

EMDB-1661:
The three-dimensional structure of a hepatitis C virus p7 ion channel by electron microscopy
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

由来
  • Hepatitis C virus (ウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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