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タイトルStructural snapshots along K48-linked ubiquitin chain formation by the HECT E3 UBR5.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Vol. 20, Issue 2, Page 190-200, Year 2024
掲載日2023年8月24日
著者Laura A Hehl / Daniel Horn-Ghetko / J Rajan Prabu / Ronnald Vollrath / D Tung Vu / David A Pérez Berrocal / Monique P C Mulder / Gerbrand J van der Heden van Noort / Brenda A Schulman /
PubMed 要旨Ubiquitin (Ub) chain formation by homologous to E6AP C-terminus (HECT)-family E3 ligases regulates vast biology, yet the structural mechanisms remain unknown. We used chemistry and cryo-electron ...Ubiquitin (Ub) chain formation by homologous to E6AP C-terminus (HECT)-family E3 ligases regulates vast biology, yet the structural mechanisms remain unknown. We used chemistry and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to visualize stable mimics of the intermediates along K48-linked Ub chain formation by the human E3, UBR5. The structural data reveal a ≈ 620 kDa UBR5 dimer as the functional unit, comprising a scaffold with flexibly tethered Ub-associated (UBA) domains, and elaborately arranged HECT domains. Chains are forged by a UBA domain capturing an acceptor Ub, with its K48 lured into the active site by numerous interactions between the acceptor Ub, manifold UBR5 elements and the donor Ub. The cryo-EM reconstructions allow defining conserved HECT domain conformations catalyzing Ub transfer from E2 to E3 and from E3. Our data show how a full-length E3, ubiquitins to be adjoined, E2 and intermediary products guide a feed-forward HECT domain conformational cycle establishing a highly efficient, broadly targeting, K48-linked Ub chain forging machine.
リンクNat Chem Biol / PubMed:37620400 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 8.3 Å
構造データ

16355

8c06

EMDB-16355, PDB-8c06:
Structure of Dimeric HECT E3 Ubiquitin Ligase UBR5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

16356

8c07

EMDB-16356, PDB-8c07:
Structure of HECT E3 UBR5 forming K48 linked Ubiquitin chains
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-16865: Tetrameric HECT E3 Ubiquitin Ligase UBR5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-16866: Cryo-EM map of ubiquitin-VME bound HECT E3 ligase UBR5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

EMDB-16867: Ubiquitin transfer from E2 to E3: UBE2D2-ubiquitin linked to HECT E3 ligase UBR5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.3 Å

EMDB-17466: Cryo-EM map of HECT E3 ligase UBR5 forming K48 linked ubiquitin chains
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.3 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SY8:
5-azanylpentan-2-one

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードLIGASE (リガーゼ) / E3 ligase (ユビキチンリガーゼ) / UBR5 / Ubiquitination (ユビキチン) / UBQ / Ubiquitin (ユビキチン) / HECT / K48 / UBQ-chain / polyubiquitylation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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