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タイトルIn situ architecture of the ER-mitochondria encounter structure.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 618, Issue 7963, Page 188-192, Year 2023
掲載日2023年5月10日
著者Michael R Wozny / Andrea Di Luca / Dustin R Morado / Andrea Picco / Rasha Khaddaj / Pablo Campomanes / Lazar Ivanović / Patrick C Hoffmann / Elizabeth A Miller / Stefano Vanni / Wanda Kukulski /
PubMed 要旨The endoplasmic reticulum and mitochondria are main hubs of eukaryotic membrane biogenesis that rely on lipid exchange via membrane contact sites, but the underpinning mechanisms remain poorly ...The endoplasmic reticulum and mitochondria are main hubs of eukaryotic membrane biogenesis that rely on lipid exchange via membrane contact sites, but the underpinning mechanisms remain poorly understood. In yeast, tethering and lipid transfer between the two organelles is mediated by the endoplasmic reticulum-mitochondria encounter structure (ERMES), a four-subunit complex of unresolved stoichiometry and architecture. Here we determined the molecular organization of ERMES within Saccharomyces cerevisiae cells using integrative structural biology by combining quantitative live imaging, cryo-correlative microscopy, subtomogram averaging and molecular modelling. We found that ERMES assembles into approximately 25 discrete bridge-like complexes distributed irregularly across a contact site. Each bridge consists of three synaptotagmin-like mitochondrial lipid binding protein domains oriented in a zig-zag arrangement. Our molecular model of ERMES reveals a pathway for lipids. These findings resolve the in situ supramolecular architecture of a major inter-organelle lipid transfer machinery and provide a basis for the mechanistic understanding of lipid fluxes in eukaryotic cells.
リンクNature / PubMed:37165187 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー) / EM (サブトモグラム平均)
解像度29.0 Å
構造データ

EMDB-15355: Electron cryo-tomography of the ER-mitochondria encounter structure ERMES
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-16871: Subtomogram average of short bridges of the yeast ER-mitochondria encounter structure (ERMES). The population half containing shorter bridge structures was averaged.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 29.0 Å

EMDB-16872: Subtomogram average of long bridges of the yeast ER-mitochondria encounter structure (ERMES). The population half containing longer bridge structures was averaged.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 29.0 Å

EMDB-16873: Subtomogram average of bridges of the yeast ER-mitochondria encounter structure (ERMES)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 29.0 Å

由来
  • Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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