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Structure paper

タイトルInsights into complex I assembly: Function of NDUFAF1 and a link with cardiolipin remodeling.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 8, Issue 46, Page eadd3855, Year 2022
掲載日2022年11月18日
著者Jonathan Schiller / Eike Laube / Ilka Wittig / Werner Kühlbrandt / Janet Vonck / Volker Zickermann /
PubMed 要旨Respiratory complex I is a ~1-MDa proton pump in mitochondria. Its structure has been revealed in great detail, but the structural basis of its assembly, in humans involving at least 15 assembly ...Respiratory complex I is a ~1-MDa proton pump in mitochondria. Its structure has been revealed in great detail, but the structural basis of its assembly, in humans involving at least 15 assembly factors, is essentially unknown. We determined cryo-electron microscopy structures of assembly intermediates associated with assembly factor NDUFAF1 in a yeast model system. Subunits ND2 and NDUFC2 together with assembly factors NDUFAF1 and CIA84 form the nucleation point of the NDUFAF1-dependent assembly pathway. Unexpectedly, the cardiolipin remodeling enzyme tafazzin is an integral component of this core complex. In a later intermediate, all 12 subunits of the proximal proton pump module have assembled. NDUFAF1 locks the central ND3 subunit in an assembly-competent conformation, and major rearrangements of central subunits are required for complex I maturation.
リンクSci Adv / PubMed:36383672 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.2 Å
構造データ

14764

7zkp

EMDB-14764, PDB-7zkp:
Late assembly intermediate of the proximal proton pumping module of complex I with assembly factors NDUFAF1 and CIA84
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

14765

7zkq

EMDB-14765, PDB-7zkq:
Early Pp module assembly intermediate of complex I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

EMDB-14766: Late Pp module assembly intermediate of complex I without assembly factors
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-14770: Late assembly intermediate of the proximal proton pumping module of complex I with assembly factor NDUFAF1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM / Cardiolipin

ChemComp-PLC:
DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / リン脂質*YM

ChemComp-CPL:
1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM / ホスファチジルコリン

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

ChemComp-T7X:
Phosphatidylinositol / ホスファチジルイノシトール

ChemComp-LMN:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / 可溶化剤*YM

由来
  • yarrowia lipolytica (酵母)
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / assembly respiratory chain membrane protein mitochondria

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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