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タイトルSingle-particle cryo-EM structures from iDPC-STEM at near-atomic resolution.
ジャーナル・号・ページNat Methods, Vol. 19, Issue 9, Page 1126-1136, Year 2022
掲載日2022年9月5日
著者Ivan Lazić / Maarten Wirix / Max Leo Leidl / Felix de Haas / Daniel Mann / Maximilian Beckers / Evgeniya V Pechnikova / Knut Müller-Caspary / Ricardo Egoavil / Eric G T Bosch / Carsten Sachse /
PubMed 要旨In electron cryomicroscopy (cryo-EM), molecular images of vitrified biological samples are obtained by conventional transmission microscopy (CTEM) using large underfocuses and subsequently ...In electron cryomicroscopy (cryo-EM), molecular images of vitrified biological samples are obtained by conventional transmission microscopy (CTEM) using large underfocuses and subsequently computationally combined into a high-resolution three-dimensional structure. Here, we apply scanning transmission electron microscopy (STEM) using the integrated differential phase contrast mode also known as iDPC-STEM to two cryo-EM test specimens, keyhole limpet hemocyanin (KLH) and tobacco mosaic virus (TMV). The micrographs show complete contrast transfer to high resolution and enable the cryo-EM structure determination for KLH at 6.5 Å resolution, as well as for TMV at 3.5 Å resolution using single-particle reconstruction methods, which share identical features with maps obtained by CTEM of a previously acquired same-sized TMV data set. These data show that STEM imaging in general, and in particular the iDPC-STEM approach, can be applied to vitrified single-particle specimens to determine near-atomic resolution cryo-EM structures of biological macromolecules.
リンクNat Methods / PubMed:36064775 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子)
解像度3.5 - 6.51 Å
構造データ

13778

7q22

EMDB-13778, PDB-7q22:
cryo iDPC-STEM structure recorded with CSA 2.0
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.3 Å

13779

7q23

EMDB-13779, PDB-7q23:
cryo iDPC-STEM structure recorded with CSA 3.0
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.3 Å

13780

7q2q

EMDB-13780, PDB-7q2q:
cryo iDPC-STEM structure recorded with CSA 3.5
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.3 Å

13781

7q2r

EMDB-13781, PDB-7q2r:
cryo iDPC-STEM structure recorded with CSA 4.0
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.5 Å

13782

7q2s

EMDB-13782, PDB-7q2s:
cryo iDPC-STEM structure recorded with CSA 4.5
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-14407: Single particle structure of keyhole limpet hemocyanin obtained via iDPC scanning transmission electron microscopy
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.51 Å

由来
  • tobacco mosaic virus (strain vulgare) (タバコモザイクウイルス)
  • tobacco mosaic virus (vulgare) (タバコモザイクウイルス)
  • TMV, Tobacco mosaic virus (strain U1)
  • Megathura crenulata (無脊椎動物)
キーワードVIRUS (ウイルス) / tobacco mosaic virus (タバコモザイクウイルス) / RNA virus (RNAウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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