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タイトルStructural basis for PoxtA-mediated resistance to phenicol and oxazolidinone antibiotics.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 1860, Year 2022
掲載日2022年4月6日
著者Caillan Crowe-McAuliffe / Victoriia Murina / Kathryn Jane Turnbull / Susanne Huch / Marje Kasari / Hiraku Takada / Lilit Nersisyan / Arnfinn Sundsfjord / Kristin Hegstad / Gemma C Atkinson / Vicent Pelechano / Daniel N Wilson / Vasili Hauryliuk /
PubMed 要旨PoxtA and OptrA are ATP binding cassette (ABC) proteins of the F subtype (ABCF). They confer resistance to oxazolidinone and phenicol antibiotics, such as linezolid and chloramphenicol, which stall ...PoxtA and OptrA are ATP binding cassette (ABC) proteins of the F subtype (ABCF). They confer resistance to oxazolidinone and phenicol antibiotics, such as linezolid and chloramphenicol, which stall translating ribosomes when certain amino acids are present at a defined position in the nascent polypeptide chain. These proteins are often encoded on mobile genetic elements, facilitating their rapid spread amongst Gram-positive bacteria, and are thought to confer resistance by binding to the ribosome and dislodging the bound antibiotic. However, the mechanistic basis of this resistance remains unclear. Here we refine the PoxtA spectrum of action, demonstrate alleviation of linezolid-induced context-dependent translational stalling, and present cryo-electron microscopy structures of PoxtA in complex with the Enterococcus faecalis 70S ribosome. PoxtA perturbs the CCA-end of the P-site tRNA, causing it to shift by ∼4 Å out of the ribosome, corresponding to a register shift of approximately one amino acid for an attached nascent polypeptide chain. We postulate that the perturbation of the P-site tRNA by PoxtA thereby alters the conformation of the attached nascent chain to disrupt the drug binding site.
リンクNat Commun / PubMed:35387982 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.4 - 3.1 Å
構造データ

13241

7p7q

EMDB-13241, PDB-7p7q:
E. faecalis 70S ribosome bound by PoxtA-EQ2, high-resolution combined volume
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

13242

7p7r

EMDB-13242, PDB-7p7r:
PoxtA-EQ2 antibiotic resistance ABCF bound to E. faecalis 70S ribosome, state I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

13243

7p7s

EMDB-13243, PDB-7p7s:
PoxtA-EQ2 antibiotic resistance ABCF bound to E. faecalis 70S ribosome, state II
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

13244

7p7t

EMDB-13244, PDB-7p7t:
PoxtA-EQ2 antibiotic resistance ABCF bound to E. faecalis 70S ribosome, state III
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

13245

7p7u

EMDB-13245, PDB-7p7u:
E. faecalis 70S ribosome with P-tRNA, state IV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-PUT:
1,4-DIAMINOBUTANE / プトレシン / プトレシン

ChemComp-SCM:
SPECTINOMYCIN / スペクチノマイシン / 抗生剤*YM / スペクチノマイシン

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • enterococcus faecalis (乳酸球菌)
  • enterococcus faecalis v583 (乳酸球菌)
  • enterococcus faecalis (strain atcc 700802 / v583) (乳酸球菌)
  • Streptococcus faecalis (乳酸球菌)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Enterococcus faecalis (エンテロコッカス・ファエカリス) / PoxtA / ABCF / antibiotic resistance protein (抗微生物薬耐性) / P-tRNA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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