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タイトルTeneurin4 dimer structures reveal a calcium-stabilized compact conformation supporting homomeric trans-interactions.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 41, Issue 9, Page e107505, Year 2022
掲載日2022年5月2日
著者Dimphna H Meijer / Cátia P Frias / J Wouter Beugelink / Yanthi N Deurloo / Bert J C Janssen /
PubMed 要旨Establishment of correct synaptic connections is a crucial step during neural circuitry formation. The Teneurin family of neuronal transmembrane proteins promotes cell-cell adhesion via homophilic ...Establishment of correct synaptic connections is a crucial step during neural circuitry formation. The Teneurin family of neuronal transmembrane proteins promotes cell-cell adhesion via homophilic and heterophilic interactions, and is required for synaptic partner matching in the visual and hippocampal systems in vertebrates. It remains unclear how individual Teneurins form macromolecular cis- and trans-synaptic protein complexes. Here, we present a 2.7 Å cryo-EM structure of the dimeric ectodomain of human Teneurin4. The structure reveals a compact conformation of the dimer, stabilized by interactions mediated by the C-rich, YD-shell, and ABD domains. A 1.5 Å crystal structure of the C-rich domain shows three conserved calcium binding sites, and thermal unfolding assays and SAXS-based rigid-body modeling demonstrate that the compactness and stability of Teneurin4 dimers are calcium-dependent. Teneurin4 dimers form a more extended conformation in conditions that lack calcium. Cellular assays reveal that the compact cis-dimer is compatible with homomeric trans-interactions. Together, these findings support a role for teneurins as a scaffold for macromolecular complex assembly and the establishment of cis- and trans-synaptic interactions to construct functional neuronal circuits.
リンクEMBO J / PubMed:35099835 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.4 - 3.7 Å
構造データ

EMDB-12122:
human Teneurin4 WT core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-12123:
human Teneurin4 WT C1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

12124

7bam

EMDB-12124, PDB-7bam:
human Teneurin4 WT C2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

12125

7ban

EMDB-12125, PDB-7ban:
human Teneurin4 Mut C2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

12126

7bao

EMDB-12126, PDB-7bao:
human Teneurin4 Mut C1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-12127:
human Teneurin4 Mut C-rich
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

PDB-7plp:
Human Teneurin-4 C-rich domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-FE:
Unknown entry / 鉄

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION / ニッケル

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Synaptic cell adhesion / CELL ADHESION (細胞接着) / cysteine-rich / calcium binding (カルシウム)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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